斯里兰卡COVID-19大流行后流感病毒分子进化与系统发育分析揭示共流行及关键突变

为解决流感病毒季节性流行及共感染对公共卫生的威胁，研究人员采用Illumina平台扩增子测序技术，对斯里兰卡重症呼吸道感染患者的流感病毒RNA进行分子进化分析。通过SPAdes组装、ABRIcate分型及MEGA X构建系统发育树，发现H1N1(7/19)、H3N2(6/19)和B型(6/19)共流行，并首次报道H1N1与SARS-CoV-2 Omicron共感染案例。关键抗原位点突变提示病毒持续进化，为东南亚地区流感防控提供分子流行病学依据。

　　

流感病毒(Influenza A/B)作为引发季节性流行病的重要病原体，其分子进化特征始终是公共卫生领域的关注焦点。这项研究采用基于Illumina平台的扩增子测序(amplicon-based sequencing)技术，对斯里兰卡2021-2024年间19例重症急性呼吸道感染(SARI)患者的病毒样本进行深度解析。

质量控制环节使用FASTP和Trimmomatic双保险处理原始测序数据，SPAdes完成基因组组装后，通过ABRIcate工具精准识别出甲型H1N1(7例)、H3N2(6例)和乙型(6例)流感病毒亚型。令人瞩目的是，研究首次捕获到甲型H1N1与SARS-CoV-2 Omicron变异株的共感染(co-infection)案例，同时揭示2023年三种流感亚型在斯里兰卡的共流行(co-circulation)现象。

系统发育分析采用MEGA X和Geneious Prime双平台构建血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进化树，iTOL可视化展示显示：所有H1N1和H3N2毒株的突变谱与全球流行株高度一致，乙型流感病毒也呈现类似进化趋势。分子水平上检测到多个影响抗原性和受体结合的关键位点突变，包括HA蛋白上决定免疫逃逸的糖基化位点变异。

研究团队运用Galaxy和INSaFLU生物信息学平台完成数据分析，强调COVID-19大流行后斯里兰卡流感病毒的进化动态与全球流行株保持同步进化。这些发现为热带地区流感防控策略的制定提供了重要分子流行病学证据，同时指出未来需重点探索病毒基因组特征与临床严重程度的关联机制。