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三阴性乳腺癌（TNBC）预后差、治疗手段有限。为揭示其抗癌治疗可行途径，研究人员对 55 例 TNBC 肿瘤进行定量蛋白质组学分析。结果发现四个 TNBC 亚型，明确其特征。该研究为 TNBC 治疗提供新方向。
在女性癌症相关死亡原因中，乳腺癌一直占据着第二的位置，而其中的三阴性乳腺癌（TNBC）更是令人头疼的难题。TNBC 约占所有乳腺癌病例的 15%，它就像一个狡猾的敌人，肿瘤异质性高，缺乏有效的治疗靶点，这使得患者的预后较差，临床治疗效果不佳 。目前，除了少数针对转移性 TNBC 的靶向疗法获批外，多数患者只能依赖传统化疗。但传统化疗的疗效有限，还伴随着细胞毒性副作用和耐药性问题。即便是已获批的免疫检查点抑制剂帕博利珠单抗（pembrolizumab），也因为适用患者范围窄、临床效果不够理想，难以满足患者的需求。因此，深入了解 TNBC 肿瘤与肿瘤微环境（TME）之间的相互作用，开发更精准的生物标志物和有效疗法迫在眉睫。
为了攻克这一难题，来自美国达特茅斯 - 希区柯克医学中心（Dartmouth - Hitchcock Medical Center，DHMC）等机构的研究人员展开了一项重要研究。他们通过对 55 例未经治疗的原发性 TNBC 肿瘤进行定量蛋白质组学分析，取得了一系列关键发现，相关研究成果发表在《npj Precision Oncology》上。
在研究过程中，研究人员运用了多种关键技术方法。首先是定量蛋白质组学技术，对 55 例 TNBC 肿瘤标本进行蛋白质提取、消化等处理后，通过液相色谱 - 质谱（LC - MS）分析，鉴定和定量了 6306 种蛋白质。其次，利用 DNA 甲基化分析，推断肿瘤微环境中免疫和基质细胞类型的组成。此外，对 TNBC 细胞系进行定量蛋白质组学分析，以确定各肿瘤亚型的代表性细胞系模型。研究样本来自 DHMC 机构存档的患者标本，为研究提供了可靠的数据基础。
下面来看看具体的研究结果：
- TNBC 肿瘤的蛋白质组学分析：对 55 例原发性 TNBC 肿瘤标本进行蛋白质组学分析、病理评估和基于甲基化的细胞分析。所有患者均为女性，平均年龄 54 岁，标本多为 I - II 期、SBR 9 级且未经治疗。经过一系列处理，最终鉴定和定量了 6306 种蛋白质。
- TNBC 基于蛋白质亚型的功能注释：通过对数据集中最具变异性的 1000 种蛋白质进行无监督分层聚类，研究人员发现了四个 TNBC 亚型，分别命名为免疫激活型（IMA）、免疫抑制型（IMS）、管腔雄激素受体型（LAR）和间质型（MES）。
- IMA 亚型：该亚型显著富集免疫相关功能注释，如干扰素 α（IFN - α）反应、干扰素 γ（IFN - γ）反应等。同时，基质相关功能注释显著减少，提示其肿瘤微环境中细胞毒性和辅助性 T 淋巴细胞、NK 细胞和 B 细胞浸润较高，而细胞外基质（ECM）重塑、EMT 和血管生成过程减少。
- IMS 亚型：其功能注释主要集中在 DNA 修复、RNA 和代谢相关方面，如 MYC 变异靶基因、糖酵解等。同时，免疫相关功能注释显著减少，表明该亚型肿瘤微环境中免疫细胞如 T 淋巴细胞、B 淋巴细胞等明显减少。
- LAR 亚型：具有独特的代谢相关功能注释，如胆固醇稳态、脂肪酸代谢等，提示肿瘤经历了代谢重编程。此外，该亚型还富集角化相关功能，细胞周期和增殖相关功能减少，意味着肿瘤生长相对较慢。
- MES 亚型：主要富集基质和免疫相关特征，包括补体、血管生成、EMT 等。同时，代谢相关功能注释减少，表明该亚型肿瘤更倾向于侵袭和转移，而非原发性肿瘤生长。
- 研究人员还通过分析独立的 TNBC 定量蛋白质组学数据集，验证了这些发现。
- TNBC 肿瘤标本的临床病理分析：对肿瘤进行组织病理学评估，发现不同亚型具有不同的临床病理特征。IMA 亚型多为早期疾病，肿瘤边界呈推挤状，淋巴管浸润发生率低；LAR 亚型患者年龄较大，肿瘤较大，多为晚期疾病，具有明显的大汗腺分化和高 AR 染色评分；IMS 亚型肿瘤体积较大，Ki67 蛋白丰度高，SBR 9 级肿瘤比例高；MES 亚型多为早期癌症，具有高比例的浸润性边缘和显著纤维化。此外，通过评估肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）发现，IMA 肿瘤中 TILs 高度富集，而 IMS 肿瘤中 TILs 计数最低。虽然 IMA 亚型患者的总生存期（OS）在四个亚型中最好，但由于样本量较小，生存比较未达到统计学意义。
- 基于 DNA 甲基化分析的细胞类型反卷积：研究人员利用 DNA 甲基化分析推断肿瘤微环境中细胞类型的组成。IMA 亚型中 CD8+ T、CD4+ T 和调节性 T（Treg）细胞比例最高，血管生成细胞类型比例最低；IMS 亚型中血管生成细胞类型比例最高，多数免疫细胞类型比例最低；MES 亚型中基质和内皮细胞类型比例较高，同时 B 细胞、NK 细胞和中性粒细胞比例也较高；LAR 亚型中 DC、B 细胞、NK 细胞和 CD8+ T 细胞比例较高。研究人员还使用蛋白质组学混合物分析工具验证了这些发现。
- TNBC 细胞系的蛋白质组学分型：对 11 种 TNBC 细胞系进行定量蛋白质组学分析，通过无监督分层聚类确定了三个不同的簇。这些簇与 TNBC 肿瘤亚型相对应，如簇 1 细胞系与 LAR 和 IMS 亚型相关，簇 2 细胞系与 MES 亚型相关，簇 3 细胞系与 IMA 亚型相关。通过基因本体（GO）注释分析发现，细胞系在一定程度上重现了肿瘤的功能注释。此外，利用癌症药物敏感性基因组学（GDSC）数据库，研究人员确定了与 TNBC 肿瘤亚型对应的药物敏感性，如簇 1 细胞系对 mTORC1/2 抑制剂（AZD8055）和 p38/JNK 抑制剂（doramapimod）敏感，簇 2 细胞系对 Rho/ROCK 通路抑制剂（GSK269962A）敏感，簇 3 细胞系对 ATM 抑制剂（KU - 55933）敏感 。
综合研究结论和讨论部分，这项研究意义重大。研究人员通过定量蛋白质组学分析，成功鉴定出 TNBC 的四个蛋白质组亚型，这些亚型在功能注释、临床病理表型和肿瘤微环境组成方面具有明显差异。这不仅为深入了解 TNBC 的分子机制提供了新的视角，也为开发更有效的个性化治疗策略奠定了基础。例如，IMA 亚型患者可能从免疫检查点抑制剂联合化疗中获益；LAR 亚型患者虽然对传统抗雄激素治疗反应不佳，但对 mTORC1/2 抑制剂和 p38/JNK 抑制剂敏感，为该亚型的治疗提供了新的方向；IMS 亚型患者的肿瘤具有高代谢和免疫抑制的特点，深入研究其潜在的耐药机制有助于开发针对性的治疗方法；MES 亚型患者可能从血管生成抑制剂如贝伐单抗（bevacizumab）或具有抗血管生成和免疫调节特性的艾瑞布林（eribulin）治疗中获益。总之，该研究为 TNBC 的精准治疗开辟了新的道路，有望改善 TNBC 患者的预后和临床结局。
