肿瘤免疫球蛋白转录本的精准剖析:IgSeqR 助力 RNA 测序数据深度挖掘

【字体: 时间:2025年04月25日 来源:Nature Protocols 13.1

编辑推荐:

  免疫球蛋白基因分析对了解 B 细胞受体结构与功能意义重大。为解决传统技术的局限,研究人员开展利用 IgSeqR 从 RNA 测序数据中分析肿瘤免疫球蛋白转录本的研究。结果显示该技术能快速精准鉴定转录本序列,这有助于淋巴瘤诊断、预后评估和治疗靶向选择。

  免疫球蛋白(Immunoglobulin,Ig)基因分析能为 B 细胞受体(B cell receptor)的结构和功能提供重要见解。在 B 细胞肿瘤中,它可以揭示肿瘤细胞的起源信息,并预测临床结果。其临床价值已在两种主要类型的慢性淋巴细胞白血病(chronic lymphocytic leukemia)中得到证实,这两种白血病可通过未突变或突变的免疫球蛋白重链可变区(IGHV)基因的表达来区分,而且在其他 B 细胞肿瘤中的价值也逐渐显现。
传统用于免疫球蛋白基因分析的基于聚合酶链式反应(PCR)和桑格测序(Sanger sequencing)的技术不仅耗费人力,还依赖于获取优势序列或少数亚克隆序列。利用高通量 RNA 测序(RNA-seq)提取表达的肿瘤免疫球蛋白转录本则更为快速,能够收集肿瘤免疫球蛋白序列,并将其与其余 RNA-seq 数据相匹配。人们一直在寻找分析工具,以提高免疫球蛋白转录本序列获取的准确性、深度和速度,并将免疫球蛋白的特征与其他肿瘤特征相结合。

在此,研究人员提供了一个用户友好的方案,借助 IgSeqR 从 RNA-seq 数据中对完整(从先导区到恒定区)的肿瘤免疫球蛋白模板化和非模板化转录本序列进行快速(约 1 小时)的从头组装、鉴定和精确表征(https://github.com/ForconiLab/IgSeqR)。由此得到的氨基酸序列可用于研究其物理化学特性,在某些淋巴瘤中,还能用来预测占据获得性 N - 糖基化位点的肿瘤聚糖类型。这些特征将有助于与肿瘤转录组进行关联研究。所得信息也有助于完善常见淋巴瘤的诊断、预后评估和潜在治疗靶点的选择。

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号