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来自孟加拉国的研究人员为探究潜在鱼类益生菌，对从健康尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）肠道分离的枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）TP111 进行全基因组测序。结果显示其基因组大小等信息，该研究为开发其益生菌潜力提供依据。
枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）被公认为一种益生菌，因其有益特性和安全性常被研究。此次研究的 TP111 菌株，在体外对鱼类致病菌维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）有抗菌活性，还能抑制尼罗罗非鱼的运动性气单胞菌败血症。
研究人员从健康尼罗罗非鱼腹部无菌采集肠道，经处理后在 MRS 琼脂平板上分离出 TP111 菌株。接着，挑取单个菌落接种培养，用试剂盒提取基因组 DNA，经定量后制备配对末端 DNA 文库，再用 Illumina MiSeq 台式测序仪进行 600 个循环的基因组测序，得到大量配对末端读数和碱基。之后，用相关软件进行质量过滤、序列修剪、从头组装（de novo assembly） ，并用特定工具进行基因预测、注释，识别次级代谢产物生物合成基因簇，检查益生菌安全相关基因。
最终，TP111 菌株的从头组装结果显示，其染色体大小约为 4,174,638 bp（由 26 个重叠群组成），鸟嘌呤 - 胞嘧啶（guanine-cytosine）含量为 43.48%，基因组覆盖率达 243×。基因组包含 4,224 个编码序列和 106 个 RNA 基因。此外，还预测出 10 个次级代谢产物生物合成基因簇，且该菌株被预测为非人类病原体。这些基因组信息将助力进一步挖掘 TP111 菌株的益生菌潜力。
