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肠系膜扭转(MT)严重影响动物健康,致死率高,其病因却尚不明确。研究人员通过对 405 头猪进行全基因组关联分析,识别出 52 个显著基因组窗口和 299 个候选基因。这一成果有助于理解猪 MT 发病机制,还可为其他哺乳动物相关疾病研究提供参考。
在动物的世界里,有一种危险的疾病时刻威胁着它们的生命,那就是肠系膜扭转(MT)。MT 就像一个隐藏在暗处的杀手,它会让肠道围绕着肠系膜轴疯狂旋转,导致肠系膜动脉被堵塞,血液无法正常流通,肠道也被机械性梗阻。这可不是小问题,它能引发动物体内一系列的 “灾难”,严重时甚至会导致动物死亡。在人类中,MT 的死亡率因诊断方法不同,在 9% - 35% 之间波动;在狗狗和马匹身上,死亡率分别约为 16% 和 42%;而在牛群里,情况更糟,55.2% - 77% 的患病牛不是死亡,就是因为手术并发症不得不被安乐死。在猪的养殖产业中,MT 也是个令人头疼的大麻烦,它是导致生长育肥阶段的猪突然死亡的常见原因之一,给养殖户带来了巨大的经济损失。
尽管人们知道一些可能引发 MT 的风险因素,但 MT 的病因和发病机制却依旧像一团迷雾,让人捉摸不透。传统的选育方法在降低 MT 发生率上效果不佳,因为 MT 不仅遗传性低、由多基因控制,而且难以准确测量,只有在动物死后解剖才能确诊。在这样的背景下,科研人员决心揭开 MT 的神秘面纱,找到防治这种疾病的新方法。
巴西的研究人员勇敢地挑起了这个重担,他们开展了一项关于猪肠系膜扭转的全基因组关联研究。研究人员从巴西 BRF S.A. 核心育种场的大白猪母系中选取了 405 头猪,收集了它们的系谱、同期组(包括性别、断奶年份和周数)、断奶体重以及 MT 记录等信息,还对这些猪进行了基因分型。经过一系列严格的实验和分析,研究人员有了重大发现。
研究人员用到的主要关键技术方法有:首先,对样本和单核苷酸多态性(SNP)进行质量控制,过滤掉不合格的样本和 SNP;然后,运用贝叶斯方法和基因组最佳线性无偏预测(GBLUP)方法,在 BLUPF90 系列程序中进行全基因组关联分析(GWAS);最后,通过多个数据库和工具,如 Ensembl Genes 109 数据库、Pantherdb 数据库等,进行候选基因的识别和富集分析。
下面来看看具体的研究结果:
- 显著基因组窗口和候选基因:在 GWAS 分析中,研究人员发现共有 52 个 1Mb 的基因组窗口与 MT 显著相关,它们分布在 15 条猪染色体上,总共解释了 MT 总加性遗传变异的 27.56%,涵盖了 299 个候选基因。
- 关键基因分析:研究人员重点研究了那些能解释较高比例遗传变异的基因。例如,位于染色体 2 上的 HSD17B4 基因,它编码的蛋白质在脂肪酸氧化代谢中起着关键作用,该基因的突变可能会影响消化过程,导致肠道发酵和气体产生增加;TNFAIP8 基因则与肠道上皮细胞分化和炎症反应有关,其功能异常会破坏肠道微生物平衡,同样增加肠道发酵和气体产生,进而可能引发 MT。在染色体 9 上的 TENM4 基因,在肠道菌群失调时表达上调;染色体 7 上的 CHD2 基因,其突变与癫痫综合征、发育迟缓相关,还可能导致肠道内容物推进延迟和发酵增加,RGMA 基因则参与肠道神经元的分化过程,这两个基因的突变都可能影响肠道运动,增加 MT 的发病风险。还有位于其他染色体上的许多基因,如 OPRM1、PPARGC1A、CHIA 等,它们分别与进食行为、代谢过程、消化功能等密切相关,这些基因的突变都可能通过不同的机制,使猪更容易患上 MT。
研究人员在讨论部分指出,MT 是由多个基因共同作用导致的复杂疾病,这些基因涉及肠道胚胎发育、细胞分化、肠道屏障维持、进食行为以及消化、蠕动等多个生物过程。它们的变异可能会引发肠道畸形、细菌感染、菌群失调、发酵过度、肠道运输延迟和梗阻等问题,最终导致 MT 的发生。
这项研究意义重大,它不仅让我们对猪 MT 的发病机制有了更深入的了解,为猪的遗传选育提供了潜在的标记,有望降低商业猪群中 MT 的发生率,减少经济损失;而且,由于猪和人类在解剖学、生理学和遗传学上有诸多相似之处,该研究结果还可能为人类和其他哺乳动物肠道扭转 / 肠扭转疾病的病因和发病机制研究提供重要的参考,为这些疾病的防治开辟新的道路。这一研究成果发表在《Scientific Reports》上,为生命科学和健康医学领域的研究添上了重要的一笔,让我们看到了攻克肠系膜扭转这类疾病的希望之光。