从南大西洋中脊深海水中发现的新型假交替单胞菌的宏基因组组装基因组：揭示几丁质降解潜力及深海生态意义

为探究深海生物地球化学循环中几丁质的降解机制，研究人员从南大西洋中脊 5500 米深处采集深海海水样本，开展新型假交替单胞菌（Pseudoalteromonas）宏基因组组装基因组（MAG）研究。结果发现该 MAG 编码几丁质酶相关基因，这对理解深海几丁质降解和营养循环意义重大。

　　报告了从南大西洋中脊（SMAR）深海水中获得的一种新型假交替单胞菌（Pseudoalteromonas）的高质量宏基因组组装基因组（MAG）。几丁质（Chitin）是海洋生态系统中最丰富的生物聚合物之一，几丁质降解细菌在海洋碳氮循环中发挥着关键作用。研究人员在 2024 年 2 月，利用 CTD 采水器从研究船 “深海一号” 上采集了深度为 5500 米的深海海水样本。将 20 升海水通过大体积浓缩试剂盒浓缩至 10 毫升，之后在细胞计数室辅助下，将浓缩样本在 2216E 培养基中稀释至约 1×10⁷个细胞 / 毫升，再使用定制的微流控装置将其封装为单细胞液滴。经过一系列处理后，对富集的微生物细胞提取基因组 DNA，并进行测序建库，在 Illumina NovaSeq X Plus 平台上生成配对末端 150bp 的读数，获得 37.59 Gbp 的原始宏基因组数据。经过质量评估、组装、筛选等步骤，得到一个名为假交替单胞菌 SMAR（Pseudoalteromonas SMAR，GCA_048515945.1）的 MAG。该 MAG 具有较高的基因组新颖性，经分类属于假交替单胞菌属中未被充分研究的物种。功能注释显示，其基因组编码几丁质酶（chiA）和 N - 乙酰氨基葡萄糖苷酶（nagZ）等关键酶，拥有近乎完整的几丁质降解途径，这表明该菌可能参与深海环境中的有机物再矿化过程，在深海几丁质降解和营养循环中具有潜在作用 。