scMultiSim：多组学与空间单细胞数据模拟的创新突破

在缺乏实验基准的情况下，模拟单细胞数据对计算方法的设计与评估至关重要。研究人员开展了 scMultiSim 这一综合性模拟器的研究。结果显示，它能生成多模态单细胞数据，可用于多种计算任务的基准测试，为相关研究提供了有力工具。

　　

模拟单细胞数据在缺乏实验真实数据时，对设计和评估计算方法至关重要。scMultiSim 是一款综合性模拟器，它能生成涵盖基因表达、染色质可及性、RNA 速度（RNA velocity）和细胞空间位置的多模态单细胞数据，同时还考虑了不同模态之间的关系。

与现有工具仅关注有限生物因素不同，scMultiSim 能同时对细胞身份、基因调控网络（gene regulatory networks）、细胞 - 细胞相互作用和染色质可及性进行建模，并纳入技术噪声。

此外，用户可轻松调整各因素的影响。研究表明，scMultiSim 生成的数据具有预期的生物学效应。通过对多种计算任务进行基准测试，展示了其应用价值，这些任务包括多模态和多批次数据整合、RNA 速度估计、基因调控网络推断，以及利用空间分辨基因表达数据进行细胞 - 细胞相互作用推断。

与现有模拟器相比，scMultiSim 能对更广泛的现有计算问题，甚至新的潜在任务进行基准测试。