猪源C型轮状病毒(RVC)G/P基因型系统进化分析：新分型阈值确立与毒株重新分类

本研究通过分析138个VP7(G型)和97个VP4(P型)全长序列，结合NCBI数据库数据，重新评估了RVC基因型分类标准。研究发现G型核苷酸相似度阈值应从85%调整为82%，并确认P型保持85%阈值，最终鉴定出21个G型(含4个新型)和39个P型(含10个新型)。该成果填补了RVC基因分型体系空白，揭示了猪源RVC作为主要宿主的高度遗传多样性，为跨物种传播风险预警提供重要依据。

　　

ABSTRACT

研究团队针对C型轮状病毒(RVC)建立了全面的基因分型框架。通过对欧洲多国猪源样本的VP7(糖蛋白)和VP4(蛋白酶敏感蛋白)基因进行全长测序，结合全球数据库序列，发现现有G型分类的85%核苷酸相似度阈值需下调至82%，而P型维持85%标准。这一调整使G型增至21种(含新发现G8/G17-G19)，P型扩展至39种(含P30-P39新亚型)，系统揭示了猪作为RVC主要宿主的基因多样性图谱。

INTRODUCTION

轮状病毒是导致人和动物胃肠炎的重要病原体，其中RVC在猪群中呈现高流行率与基因变异度。不同于已建立完整分型体系的A型轮状病毒(RVA)，RVC因序列数据匮乏导致分型标准模糊。既往研究显示，猪源RVC存在人畜共患传播风险，尤其在亚洲暴发疫情中与重症相关。本研究首次系统分析了德国、奥地利等欧洲六国的毒株，填补了该区域基因数据空白。

MATERIALS AND METHODS

实验采用猪粪便/肠道样本，通过特异性引物扩增VP7(1,011/999 nt)和VP4(2,199-2,217 nt)全长ORF，经克隆测序后使用MegaX构建最大似然法进化树。创新性采用Kimura-2-Parameter模型计算配对距离，通过GraphPad生成相似度频率分布图确定分型阈值。共获得138条VP7和97条VP4高质量序列，数据已提交NCBI。

RESULTS

关键发现包括：

1. G型重组：原G25-G28被归入G1；G16/G18/G32并入G3；G24纳入G5；G8/G19/G20整合至G6。新发现的G17与已知型别相似度<81.4%，满足独立分型条件。
2. 阈值验证：VP7频率图显示82%为最佳截断值(原85%导致G1/G6等大簇无法有效区分)，而VP4保持85%标准。
3. 跨物种启示：猪源毒株占全部G型的85.7%(18/21)和P型的89.7%(35/39)，凸显其作为病毒储存库的核心地位。

DISCUSSION

研究突破在于：

• 通过大规模数据重新校准了RCWG(轮状病毒分类工作组)标准，解决了既往部分型别(如G22→G12)分类混乱问题。
• 发现P21型内变异度异常(81%-100%)，提示未来可能需要进一步细分。
• 猪源毒株的广泛多样性支持"持续循环-变异放大"理论，这与田间研究中无症状携带现象相符。

该成果为疫苗靶点筛选和跨物种传播预警提供了分子基础，后续需结合全基因组数据探究重组事件。数据已通过iTOL交互式进化树公开，助力全球RVC监测网络建设。