高分辨率动态成像技术 Oligo-LiveFISH：解析染色质 DNA 通讯奥秘

《Cell》：High-resolution dynamic imaging of chromatin DNA communication using Oligo-LiveFISH

为解决实时活细胞 DNA 可视化难题，研究人员开展了利用 Oligo-LiveFISH 动态追踪非重复基因组位点的研究。该技术实现 20nm 空间和 50ms 时间分辨率的染色质成像，揭示染色质通讯模式，对研究 3D 基因组动力学意义重大。

　　

3D 基因组动力学对细胞功能和疾病至关重要。然而，实时、活细胞 DNA 可视化仍颇具挑战，现有方法常局限于重复区域、分辨率低或需复杂基因组工程。

本文介绍了 Oligo-LiveFISH，这是一种高分辨率、基于试剂的平台，可在多种细胞类型（包括原代细胞）中动态追踪非重复基因组位点。

Oligo-LiveFISH 利用通过计算设计、体外（in vitro ）转录和化学标记生成的荧光引导 RNA（gRNA）寡核苷酸池，以核糖核蛋白形式递送。

利用机器学习，研究人员表征了 gRNA 设计和染色质特征对成像效率的影响。多色 Oligo-LiveFISH 在 3D 中实现了 20nm 的空间分辨率和 50ms 的时间分辨率，能够捕捉实时增强子和启动子动力学。研究测量和动态建模揭示了染色质通讯的两种不同模式，且主动转录会减缓内源性基因（如FOS ）的增强子 - 启动子动力学。

Oligo-LiveFISH 为研究 3D 基因组动力学及其与细胞过程和疾病的联系提供了一个通用平台。