肯尼亚发现猴痘病毒 1b 分支完整基因组：追踪病毒传播轨迹的关键线索

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome of an mpox clade 1b virus from Kenya

为明确肯尼亚猴痘病毒（MPXV）情况，研究人员对一例有乌干达旅行史的病例进行研究。通过全基因组测序和系统发育分析，发现该病毒基因组属于 1b 分支。这一结果对监测 MPXV 传播、防控疫情意义重大。

　　猴痘（Mpox）是由猴痘病毒（MPXV，属于痘苗病毒科正痘病毒属）引起的一种人畜共患疾病。1958 年，它首次在实验室研究的灵长类动物中被发现，1970 年在刚果民主共和国检测到首例人类病例。MPXV 主要有两个分支：I 分支和 II 分支，其中 II 分支包含 IIa 和 IIb 亚分支，通常症状比 I 分支轻。2022 - 2023 年的全球疫情由 IIb 亚分支引发，而最近在刚果民主共和国的一次疫情则由 1b 分支导致。

在此，研究人员报告了肯尼亚的一例猴痘病毒 1b 分支的基因组情况。该病例为一名有乌干达旅行史的中年肯尼亚男性。2024 年 7 月 25 日，研究人员采集了他皮肤损伤处的拭子并送往实验室检测。提取基因组 DNA 后，利用实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）和 F3L 基因检测法进行 MPXV 检测，结果呈阳性，循环阈值（ct）为 21。但由于 1b 分支 C3L/CCP 基因存在缺失，I 分支特异性引物未能成功扩增。

研究人员同时采用长读长和短读长两种方法对 MPXV 进行测序。长读长测序中，使用原生条形码试剂盒 v14 制备 DNA 文库，并在 PromethION 平台的 R10.4.1 流动细胞上测序 48 小时；短读长测序则按说明书，用 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒和病毒监测面板进行文库制备，在 NextSeq2000 平台上以 150 个循环的双端配置进行测序。之后，对纳米孔测序的读长进行质量检查、去除接头，再用 Flye 软件进行从头组装，用 Racon 软件进行优化，用 Quast 软件评估重叠群；Illumina 测序数据则使用 Dragen Microbial Enrichment Plus v1.1.0 软件处理。最终得到的基因组长度为 195499bp，G + C 含量为 33.1% 。与 Zaire - 96 - I - 16 菌株（NC_003310.1）相比，核苷酸同一性为 99.83%；与最近的刚果民主共和国分离株 24MPX0220V（PP601216.1）相比，核苷酸同一性为 99.97%。

通过系统发育分析和单核苷酸多态性（SNP）鉴定，发现该基因组与 2023 - 2024 年刚果民主共和国疫情中的 1b 分支基因组聚为一类，并且该肯尼亚菌株携带 6 个独特的 SNP，其中 5 个是 APOBEC3 样突变，这表明病毒在人群传播过程中存在宿主介导的突变。

在肯尼亚成功测序并确认猴痘病毒 1b 分支，意味着其地理传播范围在持续扩大。这凸显了持续监测的必要性，包括开展协同监测活动、提高国内检测能力以及确保疫苗可及性。