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为探究柬埔寨野生动物中冠状病毒（CoVs）的流行情况和多样性，来自多个机构的研究人员对柬埔寨两个省份的野生动物样本进行检测分析。结果发现 CoVs 在蝙蝠和啮齿动物中存在，还鉴定出 7 种 SARS-CoV-2 相关病毒。这对防控新兴人畜共患病意义重大。
新冠疫情的爆发让全世界陷入危机，SARS-CoV-2 这一病毒的起源和传播途径成为全球关注的焦点。已知蝙蝠是多种冠状病毒的重要宿主，像 SARS-CoV、MERS-CoV 等都与蝙蝠携带的病毒密切相关。而在东南亚地区，复杂的环境变化和频繁的野生动物贸易等活动，使得病毒从动物传播到人类的风险大大增加。柬埔寨近年来经历着森林砍伐、农业扩张以及野生动物贸易和消费的加剧，这些都可能导致人畜共患病的爆发风险上升。在这样的背景下，为了深入了解柬埔寨野生动物中冠状病毒的流行情况和多样性，探究 SARS-CoV-2 相关病毒在当地的传播情况，来自法国国际农业发展研究中心（CIRAD）、柬埔寨巴斯德研究所等多个机构的研究人员开展了此项研究，其研究成果发表在《Scientific Reports》上。
研究人员采用了多种关键技术方法。在样本采集方面，从 2020 年到 2022 年，通过主动采样（捕获蝙蝠和啮齿动物并采集样本）和非侵入性采样（收集蝙蝠洞穴和野生动物栖息地的粪便）两种方式，在柬埔寨的蒙多基里省（Mondulkiri）和上丁省（Stung Treng）收集了大量样本。在检测分析阶段，利用常规泛冠状病毒和实时 Sarbecovirus 特异性 PCR 系统对样本 RNA 进行冠状病毒检测，对阳性样本测序后，基于部分 RdRp 基因进行系统发育分析，以此来确定病毒的种类和进化关系 。
下面来看具体的研究结果：
- 样本特征：共收集 2608 个样本，其中主动采样获得 1067 个直肠拭子（包括 867 只蝙蝠、159 只啮齿动物和 41 只其他野生动物），非侵入性采样获得 1541 个粪便样本（主要是蝙蝠粪便）。蝙蝠种类多样，涉及 5 个科 8 个属；啮齿动物中以 Rattus exulans 捕获最多。
- CoV 流行率：总体 CoV 流行率为 2.0%，仅在蝙蝠和啮齿动物样本中检测到。蝙蝠中流行率为 3.3%，不同科属蝙蝠的流行率有差异，如菊头蝠科（Rhinolophidae）的 Rhinolophus microglobosus 流行率高达 42.9%。啮齿动物中流行率为 2.5% ，且仅在 Rattus 属中检测到。环境蝙蝠粪便中 CoV 流行率为 1.3%，其他野生动物粪便中仅在一只啮齿动物粪便中检测到 CoV。
- CoV 多样性：通过系统发育分析，检测到的 CoV 属于 Alpha-CoV 和 Beta-CoV 两个属。Alpha-CoV 主要来自蝙蝠，分为 Minunacovirus、Decacovirus 和 Rhinacovirus 三个不同的进化组。Beta-CoV 在蝙蝠、啮齿动物的样本中均有发现，可分为 Embecovirus、Sarbecovirus 和 Nobecovirus 三个亚属，其中在 Sarbecovirus 亚属中发现了 8 种与 SARS-CoV-2 相关的病毒。
在研究结论和讨论部分，研究人员发现柬埔寨蝙蝠和啮齿动物中存在多种冠状病毒，并且在蝙蝠体内检测到与 2010 年同一地区发现的相似的 SARS-CoV-2 相关病毒，这表明这些病毒在当地蝙蝠种群中持续传播。虽然无法确定病毒传播的季节性，但持续监测至关重要。研究还发现一些新的蝙蝠物种可能携带 SARS-CoV-2 样病毒，这进一步揭示了蝙蝠传播冠状病毒的复杂性。此外，研究再次证实蝙蝠是多种冠状病毒的重要宿主，菊头蝠可能是 HKU2 相关病毒的宿主；啮齿动物也携带冠状病毒，洞穴等生态环境中蝙蝠和啮齿动物的共存情况，需要进一步研究它们之间病原体传播的可能性。同时，研究展示了非侵入性采样在野生动物病原体监测中的可行性，这有助于在减少对动物干扰和降低病原体传播风险的同时，了解病毒在野生动物中的传播情况。这项研究为柬埔寨乃至全球防控人畜共患病提供了重要依据，强调了持续监测、保护蝙蝠栖息地以及减少人类与蝙蝠接触的重要性，对制定合理的野生动物管理策略和公共卫生政策具有重要的指导意义。
