基于 DNA/RNA 的二代测序及荧光原位杂交技术在肝内胆管癌 FGFR2融合 / 重排分析中的应用

为精准检测肝内胆管癌（iCCA）中 FGFR2融合 / 重排，研究人员评估 226 例 iCCA 病例，采用 RNA 二代测序（RNA-based NGS）、DNA 二代测序（DNA-based NGS）和荧光原位杂交（FISH）技术。结果显示三种方法检测阳性率不同，且发现 FGFR2融合与小导管型 iCCA 相关，为临床诊疗提供依据。

　　肝内胆管癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，iCCA）是一种在肝脏内发生的、具有高侵袭性的上皮肿瘤，在原发性肝癌中占比 4 - 15%，发病率呈上升趋势，多数患者确诊时已处于晚期，难以治愈，即便接受手术治疗，术后复发率也高达 40 - 80% 。目前，虽然辅助治疗和姑息化疗有一定进展，但患者预后仍不理想。

在 iCCA 的治疗中，靶向治疗展现出改善患者预后的潜力。成纤维细胞生长因子（Fibroblast growth factors，FGFs）及其受体（FGFR）在调节胚胎发育、血管生成和组织稳态等关键途径中发挥重要作用。FGFR₂融合 / 重排导致的 FGFR 信号异常激活，是 iCCA 中常见的致癌途径。有研究表明，携带 FGFR₂融合 / 重排的 iCCA 患者接受 FGFR 靶向治疗疗效显著。然而，FGFR₂融合 / 重排在 iCCA 中的发生率受多种因素影响，且现有检测方法的有效性存在争议，因此，精准检测 FGFR₂融合 / 重排对 iCCA 患者的临床管理至关重要。

为解决上述问题，复旦大学附属中山医院的研究人员开展了一项研究。他们收集了 2019 - 2022 年在该院接受手术的 322 例 iCCA 患者的手术标本，经筛选最终纳入 226 例病例进行分析。研究采用 RNA - based NGS、DNA - based NGS 和 FISH 技术，对 iCCA 患者的 FGFR₂融合 / 重排情况进行检测，并分析其临床病理特征。该研究成果发表在《Virchows Archiv》杂志上。

研究中用到的主要关键技术方法包括：一是样本选择，从 322 例患者中筛选出 226 例符合条件的样本；二是综合基因组分析，提取样本中的基因组 DNA 和总 RNA，构建测序文库并进行测序；三是采用 FISH 技术，对 FFPE 肿瘤切片进行检测 。

研究结果如下：

• RNA - based NGS 检测结果：在 226 例分析病例中，RNA - based NGS 成功评估 225 例，1 例 RNA 质量不合格。其中 22 例（9.7%）FGFR₂融合检测呈阳性，共检测到 23 种 FGFR₂融合转录本和 17 种融合伴侣基因。BICC1 是最常见的融合伴侣基因，约 35% 的融合伴侣基因位于 10 号染色体。23 种融合转录本中，21 种（91.3%）为保留完整酪氨酸激酶（Tyrosine kinase，TK）结构域的框内融合，被认为具有致癌性；2 种（8.7%）为框外融合，意义不明。此外，还发现 5 种新的致癌融合。
• DNA - based NGS 检测结果：DNA - based NGS 检测出 16 例（7.1%）FGFR₂融合阳性病例，包含 21 种融合变异和 17 种融合伴侣基因。部分融合变异因 FGFR₂ TK 结构域不完整或转录方向异常，可能无法产生功能性嵌合蛋白。同时，该技术还检测到 4 例 FGFR₂突变。
• FISH 检测结果：226 例病例的 FISH 检测均成功，23 例（10.2%）FGFR₂重排呈阳性。阳性细胞率均在 40% 以上，且阳性细胞分布无显著异质性。23 例阳性病例中，18 例（78%）呈现典型的 3′/5′分裂模式，5 例（22%）为非典型模式。
• 三种检测方法比较：RNA - based NGS、DNA - based NGS 和 FISH 的阳性率分别为 9.7%、7.1% 和 10.2%，总体阳性率为 11.5%。在 26 例至少一种方法检测为阳性的病例中，仅 15 例（57.7%）三种方法均为阳性，总体符合率为 95.1%。以 RNA - based NGS 为参考标准，DNA - based NGS 的灵敏度为 71.4%，特异性为 99.5%；FISH 的灵敏度为 95.2%，特异性为 98.5%。
• 临床病理特征分析：研究发现，携带致癌性 FGFR₂重排 / 融合的 iCCA 病例多为小导管型，神经侵犯较少，血清 HBsAg 阳性率较高。小导管型 iCCA 中，携带致癌性 FGFR₂重排 / 融合的病例血清 HBsAg 阳性率更高，且胆管细胞癌（Cholangiolocarcinoma，CLC）亚型成分和外周肝脂肪变性的发生率更低。

研究结论和讨论部分指出，RNA - based NGS 在检测致癌性 FGFR₂融合 / 重排方面表现出色，能识别多种基因重排和新的致癌融合，但 RNA 样本质量会影响检测精度；DNA - based NGS 可同时检测多种基因突变和拷贝数改变，但在检测 FGFR₂融合时存在灵敏度受限和难以预测融合蛋白功能的问题；FISH 具有单细胞分辨率和快速检测的优势，但无法明确特定融合伴侣基因。综合来看，三种检测方法各有优劣，联合使用 RNA - based NGS 和 DNA - based NGS 可优化检测效率，在 NGS 不可用时，FISH 可作为有效的筛查工具。此外，研究还发现致癌性 FGFR₂融合与小导管型 iCCA 密切相关，为临床识别这类患者提供了形态学线索。不过，该研究为单中心研究，存在一定局限性，未来需多中心研究进一步验证。总体而言，该研究通过对三种分子检测方法的综合评估，为 iCCA 中 FGFR₂改变的检测提供了全面的分析，也为临床诊疗提供了重要的参考依据。