探秘新热带鱼 Apareiodon sp. 基因组中转座子的分布景观：解锁基因组进化的关键密码

《Chromosome Research》：The landscape of transposable element distribution in the genome of Neotropical fish Apareiodon sp. (Characiformes: Parodontidae)

为解决非模式生物中缺乏完善的转座子（TE）文库，难以全面评估 TE 对基因组修饰影响的问题，研究人员开展了从新热带鱼 Apareiodon sp. 基因组获取完善 TE 文库的研究。结果获得 244 个 TE 家族，发现 DNA 转座子最丰富，cs25 支架 TE 密度最高。该研究为相关领域提供了重要数据。

　　转座子（Transposable elements，TEs）广泛存在于真核生物基因组中，它们对基因组大小和功能修饰有贡献。随着新基因组的测序和注释，关于 TE 含量、分布和基因组进化的研究得以开展。TE 在鱼类基因组中高度多样化，在基因组和染色体进化中发挥重要作用。然而，非模式生物中经过整理的 TE 文库仍然稀缺，这使得全面评估 TE 对基因组修饰的影响变得困难。在这项研究中，研究人员旨在从新热带鱼 Apareiodon sp. 的基因组中获取一个经过整理的 TE 文库。对 TE 文库的勘探和整理产生了来自 18 个 DNA 转座子和逆转录转座子超家族的 244 个家族，这些家族约占基因组的 10%，大多数插入集中在一个或几个家族中。逆转录转座子家族的多样性更大，尤其是 Ty3 超家族。尽管逆转录转座子家族数量较多，但 DNA 转座子在基因组中最为丰富，所有 TE 插入的 37% 属于 Tc1-Mariner 超家族。几乎所有超家族都观察到完整的 TE 拷贝，其中大部分序列属于 Tc1-Mariner 组。DNA 转座子和短散在核元件（SINEs）在基因组中的插入时间较早，其次是长散在核元件（LINEs）和长末端重复逆转录转座子（LTR retrotransposons）。TE 基因组密度在 cs25 支架中最高，并且富含 Helitron 元件。结合先前关于染色体进化的研究，研究人员认为 cs25 携带 Apareiodon sp. 基因组的 W 染色体特异性区域，该区域存在大量 Helitron 插入。