《Discover Oncology》:Constructing a prognostic model based on MPT-related genes and investigate the characteristics of immune infiltration in bladder cancer
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为探究线粒体通透性转换依赖坏死的长链非编码 RNA(MPTDNLs)在膀胱癌中的作用,安徽医科大学第二附属医院等研究人员开展相关研究。他们构建含 6 个 lncRNA 的预后模型,该模型可预测膀胱癌预后、影响肿瘤微环境和药物敏感性,为膀胱癌诊疗提供新方向。
在泌尿系统中,膀胱癌是常见的恶性肿瘤,严重威胁人类健康。尽管医学在进步,但膀胱癌的治疗现状仍不乐观,现有治疗方法易复发、转移,且对其发生发展机制的了解尚不完善,这促使研究人员探索新的诊疗方案。
安徽医科大学第二附属医院等研究机构的研究人员开展了一项关于膀胱癌的研究,旨在明确 MPTDNLs 在膀胱癌中的作用,并构建相关模型指导临床预后。研究成果发表在《Discover Oncology》上。
研究人员采用了多种关键技术方法:从 TCGA 数据库获取膀胱癌基因表达、临床及突变数据,外部验证集来自 GEO 数据库;运用 Pearson 相关分析筛选 MPT 相关 lncRNA;通过单因素 Cox 分析、LASSO - COX 回归和多因素 Cox 分析构建预后模型;使用多种统计方法验证模型;借助 CIBERSORT 算法、ssGSEA 算法等分析免疫浸润;利用相关软件包进行体细胞突变分析和药物敏感性分析。
研究结果如下:
MPT 相关基因和 lncRNA 共表达网络 :分析发现肿瘤与正常样本中 lncRNA 表达差异显著,39 个 MPT 相关基因与 93 个 lncRNA 共匹配,还构建了基因的染色体定位图。
MPT 相关预后特征构建 :经一系列分析,建立了包含 6 个 lncRNA(AC013486.1、AC024060.2、AL035071.2、AL122035.1、LINC01187、SNHG16)的预后模型,且模型基因与 MPT 相关基因存在关联。
构建和验证列线图 :收集患者临床数据构建列线图预测患者 1、3、5 年总生存期(OS),校准曲线和一致性指数表明风险评分可有效预测预后。
新 MPT 驱动特征的预后价值 :根据风险评分分组,高风险组患者 OS 和无进展生存期(PFS)均较短,风险评分是强预后指标,外部验证集进一步证实模型可信度。
独立预后分析和主成分分析确定模型优势 :分析表明风险评分是独立预后指标,主成分分析显示模型基因表达模式一致性高,体现模型优势。
GO 富集分析和 KEGG 通路分析 :对高低风险组进行基因差异分析,GO 富集分析发现差异基因在结缔组织相关过程等显著聚集,KEGG 通路分析显示 PI3K - Akt 信号通路 等 27 条通路富集,其中钙信号通路与 MPT 相关,可能与膀胱癌预后有关。
肿瘤微环境和免疫细胞浸润 :分析发现膀胱癌患者免疫细胞浸润有相似性,不同免疫细胞间存在协同或拮抗作用。肿瘤与非肿瘤组、高低风险组免疫细胞表达有差异,Tregs 细胞与模型基因正相关,可能与肿瘤预后不良有关。高风险组免疫通路差异显著,免疫治疗反应更好。
药物敏感性分析 :分析发现高低风险组药物敏感性存在差异,常用化疗方案 “GC” 中顺铂和吉西他滨在高风险组 IC50 更低,索拉非尼在高风险组敏感性更好。
肿瘤突变负荷分析和 TMB 生存分析 :分析发现膀胱癌患者体细胞突变中错义突变比例最高,高风险组 RB1 突变增加,PIK3CA、KMT2C 和 FAT4 突变减少。高 TMB 患者 OS 更低,高风险评分和低 TMB 组患者 OS 最差,验证风险模型有效性。
研究结论和讨论部分指出,该研究构建的模型可用于膀胱癌患者预后判断和免疫治疗反应预测,模型基因可能成为治疗高风险膀胱癌的新靶点。虽然研究存在局限性,如缺乏体外实验和动物模型验证,但为膀胱癌的研究提供了新方向,有助于推动膀胱癌的精准诊疗,未来有望找到更有效的治疗策略,改善患者生存质量。
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