染色质，这个在细胞深处的神秘物质，就像一本写满生命密码的 “天书”，它的组织和结构对于细胞的功能和命运起着决定性作用。染色质重塑酶（chromatin remodelers）则像是这本书的 “编辑”，在其中扮演着至关重要的角色。所有已知的重塑酶都利用 Snf2 型 ATP 酶（Snf2-type ATPase）来围绕组蛋白八聚体滑动核小体 DNA，从而调控基因的表达。然而，这个看似简单的滑动过程，其背后精确的机制却一直是个谜，就像隐藏在重重迷雾之中，让科学家们难以看清。
为了揭开这层神秘的面纱，来自美国圣裘德儿童研究医院（St. Jude Children’s Research Hospital）的研究人员踏上了探索之旅。他们将研究的焦点对准了人类染色质重塑酶 SNF2H，这是 ISWI 家族的重要成员。经过不懈努力，研究人员取得了重大突破，相关成果发表在《Cell Research》上。这项研究对于理解染色质重塑的基本过程、揭示基因调控的机制具有重要意义，为生命科学领域打开了一扇新的大门。
在研究过程中，研究人员主要运用了以下关键技术方法：首先是冷冻电镜（cryo-EM）技术，它能够让研究人员在接近生理状态下，观察到生物大分子的精细结构和动态变化；其次是蛋白质纯化技术，用于获得高纯度的人类 SNF2H 蛋白；最后是核小体重构技术，构建含有特定长度连接 DNA 的核小体，以便进行后续的实验研究。
研究结果如下：
冷冻电镜结构解析：研究人员纯化了人类 SNF2H，并重构了带有 80bp 连接 DNA 的核小体。利用冷冻电镜，收集了 ATP 激活复合物在不同时间点和 MgCl2浓度下的图像。通过大量数据分析，确定了 13 种 SNF2H 与核小体结合的独特结构2。
结构分组与动态变化：根据 SHL2 处 DNA 和 SNF2H 的构象，将 13 种结构分为 A - E 五组。A 组结构代表 ADP - BeFx 结合状态下游的构象状态，此时 DNA 和 SNF2H 的构象与 ADP - BeFx 结合的核小体 - 重塑酶复合物相似，但 SNF2H 的 lobe 2 开始向 SHL3 旋转34。
跟踪链运动分析：B 组结构中，DNA 跟踪链被拉出的程度大于引导链，导致 SHL2 和 SHL3 处 DNA 局部变形。SNF2H 呈现典型的开放构象，代表 ATP 水解后的状态。lobe 2 的运动使核小体 DNA 从组蛋白八聚体表面拉开，同时引起组蛋白 H3 和 H4 的重排568。
引导链运动研究：C 组结构中，SNF2H 的运动方向发生改变，向下向外旋转，远离组蛋白八聚体，同时拉动引导链向外移动，纠正了 B 组结构中 SHL2 和 SHL3 处的 DNA 扭曲。此时核小体 DNA 从入口到 SHL2 有效地移动了 1bp910。
DNA 释放过程解析：D 组结构中，DNA 开始向组蛋白八聚体表面移动，SNF2H 的两个 lobe 继续向外运动，brace helix 也向外移动，削弱了与引导链的相互作用，导致 DNA 部分释放。E 组结构中，SNF2H 的两个 lobe 完全分离，DNA 完全释放，返回规范核小体的构象1112。
研究结论表明，这 13 种结构展示了染色质重塑过程中 DNA、组蛋白和 SNF2H 的连续运动。ATP 水解诱导 SNF2H 的构象变化，分两步拉动 SHL2 处的核小体 DNA，形成一个能容纳额外一个碱基对的 DNA 凸起。随后，SNF2H 的 lobe 打开，逐步释放 DNA。研究还发现，SNF2H 在这些步骤中与 DNA 接触的残基在染色质重塑酶家族中是保守的，这意味着该研究揭示的 SNF2H 机制可能适用于所有 ATP 依赖的染色质重塑酶。
该研究成果意义重大，它不仅清晰地展示了 SNF2H 重塑染色质的动态过程，还为理解 ATP 依赖的染色质重塑机制提供了关键线索。这对于深入研究基因调控、细胞分化以及相关疾病的发生发展机制具有重要的理论指导意义，为未来开发针对染色质重塑异常相关疾病的治疗策略奠定了坚实的基础。
