大豆驯化性状的全基因组关联研究与SNP互作分析：揭示高产与抗性遗传基础

《Plant Molecular Biology》：Genome-wide exploration of soybean domestication traits: integrating association mapping and SNP?×?SNP interaction analyses

为解决大豆驯化相关性状(DRTs)遗传机制不明的问题，研究人员对198份大豆种质进行全基因组关联研究(GWAS)，采用FarmCPU和BLINK模型分析23,574个SNP，鉴定出78个显著位点(含14个环境稳定位点)和324个上位性互作，发现rs.Gm16.29778273与抗裂荚性相关，rs.Gm13.16695800具花色与下胚轴颜色的多效性，为分子标记辅助选择(MAS)提供新靶点

　　大豆驯化历程堪称作物进化的经典范本，然而其关键性状的遗传密码仍有待破译。科研团队运用双酶切简化基因组测序(ddRAD-seq)技术，对198份具有"遗传多样性宝库"之称的大豆种质展开深度解码，获取23,574个高质量单核苷酸多态性(SNP)标记。研究聚焦九大驯化相关性状(DRTs)，包括种子三维形态参数、种皮色泽、子叶颜色等关键农艺特征，在双环境条件下进行精准表型组学分析。通过创新性采用FarmCPU和BLINK双模型全基因组关联分析(GWAS)，犹如在基因组海洋中撒下精准渔网，捕获78个显著关联信号，其中14个SNP在环境与模型间展现"稳如泰山"的特性。特别引人注目的是，rs.Gm16.29778273这位"抗裂荚卫士"的发现，以及rs.Gm13.16695800这位"色彩魔术师"调控下胚轴与花色的双重戏法。研究还绘制出324对SNP"社交网络"(上位性互作)，揭示性状背后复杂的遗传交响乐。功能注释不仅验证了3个已知数量性状位点(QTL)，更挖掘出11个"基因新秀"，通过基因本体论(GO)注释解码其生物学剧本。这些发现为培育"既高产又抗逆"的超级大豆提供了分子设计蓝图，标志着作物育种进入"智能导航"新时代