巴勒斯坦首例败血症患者耳念珠菌（Candida auris）临床分离株全基因组测序：揭示耐药特征与进化关系

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Whole-genome sequencing of the first Candida auris clinical isolate from a patient with sepsis in Palestine

为明确巴勒斯坦地区耐多药耳念珠菌（C. auris）感染情况，研究人员对一名败血症患者尿液中的耳念珠菌（Pal1）进行分离鉴定与全基因组测序。结果显示，Pal1 属于地理分支 I，携带与唑类耐药相关的 SNP（Erg11Y132F和 Mrr1T647N），该研究为防控耳念珠菌感染提供关键依据。

　　耳念珠菌（Candida auris）是一种具有多重耐药性的酵母菌，已成为严重威胁全球健康的重要医院感染病原体，被世界卫生组织列为重点关注对象。在巴勒斯坦进行的一项针对念珠菌感染的初步流行率研究中，许多念珠菌分离株未在物种水平上得到鉴定。鉴于其中不少分离株对氟康唑耐药，研究人员决定专门筛查耳念珠菌。研究人员从巴勒斯坦杰宁伊本?西那医院收治的一名严重败血症患者的尿液中，利用 CHROMagar 念珠菌培养基分离出耳念珠菌 Pal1 菌株。该菌株最初通过 VITEK2 Compact 系统鉴定为耳念珠菌。研究人员将该菌株的单个菌落接种到 YPD（1% 酵母提取物、2% 蛋白胨、2% 葡萄糖和 50 μg/mL 尿苷）培养基中，在 30°C 条件下培养过夜。随后通过离心收集细胞，使用 YeaStar 试剂盒提取基因组 DNA。首先对基因组 DNA 的 ITS2 区域进行桑格测序，结果证实该菌株为耳念珠菌。研究人员在美国俄勒冈州尤金市的 Plasmidsaurus 公司，运用牛津纳米孔技术（ONT）长读长测序和 Illumina NextSeq2000 短读长测序技术，对该菌株进行全基因组测序。纳米孔文库使用 v14 文库制备试剂盒，无需片段化或大小筛选，在配备 R.10.4.1 流动池的 PromethION P24 平台上进行测序。Illumina 文库则使用 SeqWell ExpressPlex 96 文库制备试剂盒，在 Illumina NextSeq2000（2×150 bp）平台上测序。Illumina 测序数据使用 Fastp 0.23.2 版本进行过滤，纳米孔测序数据使用 Filtlong 0.2.1 版本过滤，保留长度大于 1000 bp 的前 90% 优质 reads。利用 FastQC 0.12.1 版本对过滤后的 reads 质量进行验证。过滤后，Illumina 测序保留了 225 万条 reads，总计 354 Mb（质量分数大于 Q20 的占 96%，大于 Q30 的占 85%）；纳米孔测序保留了 286335 条 reads（N₅₀约 11 kb），总计 2.4 Gb。纳米孔测序 reads 使用 Flye 2.9.5-b1801 版本进行组装，平均覆盖度达 200×，之后利用 Polypolish 0.6.0 版本进行优化。最终组装得到 8 个重叠群，分别对应 7 条染色体和线粒体基因组。研究人员使用 Funannotate 1.8.17 版本，以白色念珠菌（Candida albicans）SC5314 为参考模型，采用默认参数进行注释。研究人员通过平均核苷酸同一性方法，评估耳念珠菌 Pal1 菌株与代表 6 个已知地理分支的不同菌株之间的亲缘关系。分析结果表明，Pal1 菌株与属于地理分支 I 的 B11207 菌株亲缘关系较近。此外，Pal1 菌株携带与唑类耐药相关的不同单核苷酸多态性（SNP），包括 Erg11^Y132F和 Mrr1^T647N。