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为探究华支睾吸虫（OV）相关胆管癌（CCA）的肿瘤异质性，研究人员对 13 名患者的 52 个肿瘤样本和 13 个癌旁组织进行多区域全外显子测序（WES）。结果显示存在显著的肿瘤内异质性（ITH）和患者间异质性，这为 CCA 的个性化治疗提供了理论依据。
胆管癌（Cholangiocarcinoma，CCA）是一种严重的恶性肿瘤，在全球范围内，其发病率呈上升趋势，已然成为第二大常见肝癌 。在东南亚地区，尤其是泰国东北部，华支睾吸虫（Opisthorchis viverrini，OV）感染与胆管癌的发生紧密相关。然而，由于多数患者确诊时已处于晚期，治疗选择极为有限，预后效果差。同时，肿瘤内异质性（Intratumoral heterogeneity，ITH）使得抗癌治疗效果大打折扣，不同细胞群体在肿瘤发展速度、侵袭能力、药物敏感性和预后等方面存在差异。而且，此前关于慢性寄生虫感染驱动的癌症进化研究较少，对于 OV 相关 CCA 的分子多样性和进化机制了解不足。基于这些问题，孔敬大学的研究人员开展了此项研究，旨在剖析 OV 流行地区手术切除的 CCA 肿瘤的分子多样性，分析其基因组特征和克隆进化，以增进对慢性感染背景下 CCA 进化的认识。
该研究成果发表在《Scientific Reports》上。研究人员主要运用了以下关键技术方法：首先，从 13 名接受根治性切除术的患者肝脏标本中获取新鲜冷冻组织样本（包括肿瘤组织和癌旁组织），并提取 DNA；接着，利用 Agilent SureSelect V6 方法制备文库，在 NovaSeq 6000 平台进行全外显子测序；随后，通过一系列生物信息学分析工具，如 Burrows-Wheeler Aligner（BWA）、Genome Analysis Toolkit（GATK）等对测序数据进行处理和分析，包括变异检测、拷贝数变异（Copy number variation，CNV）分析、突变特征分析、ITH 分析以及克隆进化分析等。
研究结果如下：
- 患者特征：13 名患者年龄在 53 - 77 岁之间，平均年龄 64 岁，7 男 6 女，大多来自泰国东北部 OV 流行区。多数患者（76.92%）确诊时为 III 期，术后生存期为 54 - 1694 天，中位生存期 755 天。生化标志物如 CA 19 - 9、总胆红素、碱性磷酸酶（ALP）、谷草转氨酶（AST）和谷丙转氨酶（ALT）水平在患者间存在显著差异。
- 突变景观：对 65 个多区域样本（52 个肿瘤样本和 13 个癌旁样本）进行 WES 分析，平均测序深度 180X。每个患者多个区域平均发现 95 个突变，单核苷酸变异（Single nucleotide variant，SNV）中多数为 C>T 突变，变异分类中错义突变居多。TP53、SMAD4 等基因是最常突变的基因，患者间和同一患者不同区域间存在突变异质性。
- 突变特征：突变特征分析表明，CCA 中主要的单碱基替换（Single base substitution，SBS）特征为 SBS1、SBS3 和 SBS6，分别与自发脱氨、同源重组 DNA 损伤修复缺陷和 DNA 错配修复机制缺陷相关，不同样本和患者的突变特征比例和组成不同。
- CNA 异质性和染色体不稳定性：CNAs 的 ITH 程度较低，检测到多个染色体区域的缺失和扩增，涉及肿瘤抑制基因和癌基因。患者间 CNA 谱存在差异，患者 K110 的拷贝数变异程度明显高于其他患者。
- ITH 分析：不同患者的非同步突变地理分布显示，CCA 患者 ITH 程度存在差异，部分患者普遍存在的突变比例较低，说明仅对原发灶或单个病灶测序不足以全面描述某些患者的 CCA 基因组景观。
- 分支进化：通过构建基于体细胞单核苷酸变异（SNVs）和 CNA 数据的系统发育树，发现 CCA 存在分支进化。部分患者的树显示早期多区域转移，部分患者则在肿瘤进展后期出现多区域起源。常见驱动突变如 TP53 等常位于树干，而 KRAS 等部分驱动突变位于分支，影响肿瘤分支进化。
研究结论和讨论部分指出，该研究全面揭示了 OV 相关 CCA 肿瘤的遗传多样性和进化动态，发现其高度的 ITH 和患者间变异。与以往研究相比，该研究中 OV 相关 CCA 的突变负担更高，且存在独特的突变模式。突变特征分析进一步明确了相关分子机制，为个性化治疗提供了潜在靶点，如 ERBB2 等。染色体不稳定性在患者 K110 中表现突出，可能影响临床结局，但仍需更多研究证实其在 CCA 中的预后意义。研究还强调了针对树干和分支突变的联合治疗策略的重要性，未来应扩大患者队列，进一步验证相关通路作用，探索靶向树干突变的治疗潜力和联合治疗方案，这对于提高 CCA 患者的预后和治疗效果具有重要意义，尤其在 OV 流行地区，有望为该恶性肿瘤的治疗带来新的突破。
