探秘孟加拉吉大港城市污水中铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）的存在及 bcsir_p4_s20 菌株全基因组解析：污水治理与健康风险防控的关键探索

《World Journal of Microbiology and Biotechnology》：Exploring the occurrence of Pseudomonas aeruginosa and comprehensive whole genome analysis of the bcsir_p4_s20 strain from municipal wastewater in Chattogram

为探究未经处理的城市污水传播耐药铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）菌株的影响，研究人员对孟加拉吉大港城市污水中耐多药（MDR）P. aeruginosa bcsir_p4_s20 菌株进行药敏分析和全基因组测序（WGS）。结果发现该菌株有耐药和毒力基因，城市污水是潜在的 MDR P. aeruginosa储存库，这对防控疾病爆发意义重大。

　　多项研究表明，在包括医院废水、城市污水和地表水等环境样本中，存在耐多药（Multidrug-resistant，MDR）铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）。本研究通过对耐多药的铜绿假单胞菌 bcsir_p4_s20 菌株进行抗生素敏感性分析和全基因组测序（Whole-genome sequencing，WGS），探究孟加拉国吉大港城市污水网络中未经处理的城市污水传播耐药铜绿假单胞菌菌株的影响。研究利用聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR），针对oprI和oprL基因，从 8 个采样点鉴定出 42 株铜绿假单胞菌，并采用纸片扩散法测定了它们对 11 种抗生素的敏感性。所有采样点均发现耐药菌株，对美罗培南、头孢吡肟和粘菌素的耐药频率最高。利用 NextSeq 2000 平台对 bcsir_p4_s20 菌株进行全基因组测序，通过 FastQC、Trimmomatic、SPAdes 和 Prokka 等生物信息学工具进行质量评估、低质量读数和接头过滤、从头组装和功能注释。借助综合抗生素耐药数据库（Comprehensive Antibiotic Resistance Database，CARD）、AMRFinderPlus 和毒力因子数据库（Virulence Factor Database，VFDB）确定耐药基因和毒力因子。该菌株属于 O7 血清群和序列型 ST357。分析发现了通过外排泵和失活机制导致耐药的抗生素耐药基因（bla^{PDC - 11}、sul1等），以及负责黏附（鞭毛、IV 型菌毛）、酶（磷脂酶 C）、铁摄取（绿脓菌素）、分泌系统（exoT、exoU）和毒素（toxA）分泌的毒力基因。因此，城市污水是耐多药铜绿假单胞菌的潜在储存库，建议在将污水排放到污水网络之前，在主要源头建立污水处理厂（Wastewater Treatment Plants，WWTPs），以降低疾病爆发的风险。