污泥改良土壤诱导内生微小杆菌 Exiguobacterium sp. E21L 产生多重耐药与重金属抗性：基因组学证据对农业生态健康的警示

《World Journal of Microbiology and Biotechnology》：Sludge amended soil induced multidrug and heavy metal resistance in endophytic Exiguobacterium sp. E21L: genomics evidences

为解决农业环境中多重耐药菌对公众健康和生态平衡的威胁问题，研究人员开展了对从污泥改良土壤种植的胡萝卜叶中分离出的内生菌株 Exiguobacterium sp. E21L 的研究。结果发现其携带多种抗性基因，有潜在传播风险。这强调需规范污泥肥料使用及处理策略以降低 AMR 风险。

　　农业环境中多重耐药菌的出现对公众健康和生态平衡构成严重威胁。在本研究中，从经污水处理厂污泥改良土壤种植的胡萝卜叶中，分离出了内生菌株微小杆菌（Exiguobacterium）sp. E21L。该菌株对临床相关抗生素，如 β- 内酰胺类（beta-lactams）、氟喹诺酮类（fluoroquinolones）、氨基糖苷类（aminoglycosides）和大环内酯类（macrolides）具有抗性，多重抗生素抗性指数高达 0.88。全基因组测序显示，其基因组大小为 3.06 Mb，编码 3894 个蛋白质编码基因，其中包括抗菌抗性基因（ARGs），如 bla_NDM、erm_F、tet_W和 sul₁ ，以及重金属抗性基因（HMRGs），如 czc_D、cop_B和 nik_A。携带 ARGs 和应激相关基因的基因组岛表明存在潜在的水平基因转移。该菌株表现出强大的生物膜形成能力、高细胞疏水性（>80%）以及显著的自聚集性（48 小时时达 90%），这与运动、群体感应和应激适应相关基因有关。值得注意的是，表型分析证实其在模拟胃肠道条件下能够存活，突出了它在宿主相关环境中的适应性。比较基因组学显示，Exiguobacterium sp. E21L 与 Exiguobacterium chiriqhucha RW-2 亲缘较近，二者有 2716 个保守的核心基因组基因。功能注释揭示其存在参与异生物质降解、多药外排泵和 ABC 型转运蛋白的基因，表明其具有多种抗性机制和代谢能力。ARGs、HMRGs 和移动遗传元件（MGEs）的存在，凸显了 Exiguobacterium sp. E21L 作为农业生态系统中抗性决定因子储存库的潜在作用。这些发现强调了对基于污泥的肥料实施严格监管，以及采用先进污泥处理策略，以降低农业环境中抗菌药物耐药性（AMR）风险的必要性。