爱尔兰土壤分离的茄形假丝酵母（Candida solani）UCD1087 基因组测序：填补研究空白，助力真菌领域探索

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Genome sequence of the yeast Candida solani UCD1087, isolated from soil in Ireland

为进一步了解茄形假丝酵母（Candida solani），来自爱尔兰都柏林大学的研究人员开展了对其 UCD1087 菌株基因组序列的研究。研究结果显示该基因组为 12.85 Mb，由 6 个染色体大小的重叠群和 1 个线粒体基因组重叠群组成，这为相关研究提供了新数据。

　　茄形假丝酵母（Candida solani）是芽殖酵母威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces clade）的一员，属于无性繁殖物种。它最早是从荷兰的一家马铃薯淀粉厂分离出来的，目前没有已知的食品或生物技术应用，由于其在 35°C 以上无法生长，所以不太可能对人类致病。此前，该物种仅有的一个基因组组装来自模式菌株（NRRL Y - 2224），但被碎片化到 9000 多个重叠群中。

此次研究的C. solani UCD1087 菌株，是从爱尔兰都柏林大学校园（GPS 坐标 53.3085254，–6.2220592）采集的土壤中分离得到的。研究人员先将土壤样本在含有氯霉素（30 μg/mL）和氨苄青霉素（100 μg/mL）的 9 mL 液体酵母提取物 - 蛋白胨 - 葡萄糖（YPD）培养基中，于室温下传代两次，然后在 YPD 琼脂平板上培养，最终分离出单个菌落。通过对核糖体 DNA 内转录间隔区（ITS）和 D1/D2 区域进行 PCR 和桑格测序（Sanger sequencing），使用引物 ITS1（TCCGTAGGTGAACCTGCGG）和 ITS4（TCCTCCGCTTATTGATATGC）扩增 ITS 区域，用引物 NL1（GCATATCAATAAGCGGAGGAA）和 NL4（GGTCCGTGTTTCAAGACGG）扩增 D1/D2 区域，测序结果显示，该菌株与C. solani模式菌株在 ITS 区域的序列一致性为 100%（554/554 bp），在 D1/D2 区域为 98.94%（559/565 bp）。

研究人员从 20°C 培养的液体 YPD 培养物中，采用酚 / 氯仿提取法提取 DNA。构建短读长文库（Illumina DNA - Prep (M) Ref:20060060）后，利用 NextSeq2000 和 P1 流动池进行测序，获得了 560 万对读长（2 × 150 bp）。用 Skewer v0.2.2 去除接头和低质量读段。对于长读长测序，研究人员使用 Biosearch Technology 公司的 Masterpure 酵母 DNA 纯化试剂盒（MPY80010）提取 DNA，之后进行文库制备（Native Barcoding Kit SQK - NBD112 - 24）、末端修复（NEB - M6630）和连接（NEB - E6056），在使用牛津纳米孔（Oxford Nanopore）的 MinION MK1C 测序仪（流动池为 FLO - MIN112 R10.4）测序前，用长片段缓冲液筛选出大于 3 kb 的 DNA 片段。仪器默认进行快速碱基识别（MinKNOW v23.07.12），并完成默认的多重序列分析、条形码修剪，保留长度大于等于 500 bp 的读段，不设置质量截断值。经 NanoFilt（v2.3.0）筛选，保留了 98802 条质量大于等于 10 且长度大于等于 10000 bp 的读段（读段 N50 = 18304 bp），随后用 Canu（v2.2）进行组装，再用 Illumina 读段通过 NextPolish（v.1.4.1）进行 5 轮纠错，除特殊说明外，均使用默认参数。

最终得到的基因组组装结果包含 6 个核重叠群（总计 12.85 Mb；N50 = 2132486 bp）和线粒体基因组（37835 bp 的环形单元，登录号为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CAXWWC010000007.1 ）。这 6 个核重叠群似乎都是完整的染色体，因为每个重叠群的末端要么是可能的端粒重复序列（GGGATGTACTGTGTGGTGTA）_n ，要么是通过 BLASTN 检测到的 rDNA 阵列。所有 rDNA 阵列的方向都是 18S 和 26S rRNA 基因朝着附近的重叠群末端转录。

UCD1087 基因组组装与C. solani模式菌株 NRRL Y - 2224（登录号https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JAKVQS000000000.1 ）的基因组组装相比，平均核苷酸一致性为 96.26%。利用 BUSCO v5.1.2 评估，与子囊菌门（Ascomycota）谱系数据集相比，该基因组的完整性估计为 93.67%，其 G + C 含量为 39.63%。