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为解决盾纤虫病（Scuticociliatosis）这一严重影响养殖比目鱼和甲壳类动物的难题，研究人员对盾纤虫寄生虫迈阿密虫（Miamiensis avidus）的大核（MAC）基因组进行测序。得到其大核基因组草图，这有助于理解盾纤虫相关特征及开发有效疫苗。
迈阿密虫（
Miamiensis avidus）是一种自由生活的海洋原生动物，属于纤毛门（Ciliophora）、寡膜纲（Oligohymenophorea）、盾纤亚纲（Scuticociliatida）、嗜污目（Philasterida）。它在养殖的海洋鱼类，如大菱鲆、鲈鱼和牙鲆（
Paralichthys olivaceus）中引发了严重的疾病暴发和大量死亡，但目前尚未发现针对这种疾病的有效化学治疗方法。因此，研究人员对迈阿密虫进行了大核（MAC）基因组测序，旨在了解其基因组和生物学特征，进而开发针对这种寄生虫病的有效疫苗。
迈阿密虫菌株 MagSerotype2 - 33（M. avidus血清型 2，SCU - MA2）于 2008 年从韩国浦项当地农场的牙鲆P. olivaceus中分离出来。为获取大核 DNA，研究人员将迈阿密虫菌株 SCU - MA2 在添加了 10% 热灭活胎牛血清（FBS）的 Eagle's MEM 培养基中，于 20°C 条件下在 CHSE - 214 细胞系（ATCC CRL 1691）中培养。随后，利用 Whatman 25 mm Nuclepore 聚碳酸酯滤膜（孔径：5 μm）从细胞裂解物中分离大核。接着，使用 HiGene 基因组 DNA 提取试剂盒（韩国 Biofact 公司）提取迈阿密虫大核 DNA。样本用于制备 SMRTbell 文库，测序在 PacBio 测序平台（美国 Pacific Biosciences 公司）上进行。此外，之前报道的用于该物种完整线粒体基因组组装的 MiSeq 测序数据，也被用于优化迈阿密虫基因组序列。
PacBio SMRT 细胞测序产生了 223 亿碱基对的原始读数，基因组覆盖度达 293.6 倍。读数使用 CANU v. 1.6 软件，采用默认参数进行组装。为提高初始重叠群组装的准确性，研究人员使用 BWA - MEM 软件比对清洁的 Illumina 短读数，然后用 Pilon 1.23 版本进行优化，二者均采用默认参数。利用 BioEdit 软件在最终组装结果中搜索假定的端粒重复序列（5′ - CCCCAA）
n，发现 119 个重叠群两端都有端粒重复序列，49 个只有一端有端粒。最终的迈阿密虫大核基因组草图由 213 个重叠群组成，总序列长度为 75,782,695 碱基对，重叠群 N50 为 754,125 碱基对（L50：30，GC 含量为 23.52%）。从基因组草图重叠群序列中获得的注释信息，以及相应的转录本和蛋白质序列，已存于 “
https://doi.org/10.6084/m9.figshare.26866936.v2”。通过对比迈阿密虫大核基因组与其他六种纤毛虫物种的基因组，发现迈阿密虫与嗜污目成员伪康纤虫（
Pseudocohnilembus persalinus）亲缘关系较近。大核基因组草图的使用，对于深入理解盾纤虫病的病理学，以及开发有效的治疗策略和鱼类疫苗，具有广泛的意义。
