黑口新鳗（Genypterus maculatus）肝脏转录组资源构建：解析气候变化下热应激的分子密码

《Fish Physiology and Biochemistry》：Generating transcriptomic resources in the teleost fish black cusk-eel (Genypterus maculatus) to evaluate thermal stress in the liver under a climate change scenario

为解决黑口新鳗（Genypterus maculatus）基因组信息及热应激反应相关生物学知识有限的问题，研究人员开展了其肝脏转录组组装及热应激响应研究。结果显示获得 26,620 条注释转录本等，该研究为黑口新鳗提供了宝贵基因组信息，揭示其热应激响应机制。

　　黑口新鳗（Genypterus maculatus）是智利传统渔业中具有重要意义且具备水产养殖潜力的本土鱼类。然而，有关其基因组信息以及热应激反应影响的生物学知识较为有限。本研究首次对黑口新鳗的肝脏进行从头转录组组装，并探究了该物种肝脏对热应激的响应。从头组装得到 26,620 条注释转录本，N50 为 2297，GC 含量为 49.76%。BUSCO 分析表明，在后生动物（Metazoa）和辐鳍鱼（Actinopterygi）中，完整直系同源物分别占 97.1% 和 75.7%。功能注释共得到 55,556 个基因本体（GO）术语，其中生物过程注释有 26,128 个，分子功能注释有 15,225 个，细胞成分注释有 14,213 个。RNA 测序（RNA-seq）分析显示，热应激下有 94 个差异表达转录本，其中 64 个下调，30 个上调。富集分析表明，这些差异表达转录本涉及通过同源重组修复双链断裂、相互减数分裂重组以及 DNA 修复等生物过程。研究还观察到，热应激导致皮质醇水平显著升高，而肝脏酶（丙氨酸转氨酶 ALT、天冬氨酸转氨酶 AST、碱性磷酸酶 AP）活性无显著差异，同时肝脏中的 DNA 损伤（无嘌呤位点 形成）和脂质过氧化（4 - 羟基壬烯醛蛋白加合物）增加。通过实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）对差异表达转录本进行验证，证实了 RNA-seq 的结果。这些研究结果为黑口新鳗提供了有价值的基因组信息，并突出了在气候变化背景下该物种对热应激的生理和分子响应。