濒危黄檀属植物叶绿体全基因组比较分析：结构特征、系统发育及保护启示

《Plant Systematics and Evolution》：Comparative analysis of the complete chloroplast genomes of critically endangered legumes (Dalbergia, Papilionoideae): insights into genome structure, phylogeny, and conservation implications

为解决濒危黄檀属物种（Dalbergia clarkei、D. matthewii和D. gardneriana）因形态相似导致的鉴定难题及系统发育关系未明的问题，研究人员利用Illumina NovaSeq 6000平台首次完成其叶绿体全基因组测序。研究发现其叶绿体基因组呈典型四分区结构，含111个独特基因（77个蛋白编码基因、30个tRNA和4个rRNA），并鉴定出5个突变热点区域（trnT-UGU、ndhD、ndhA、ycf1和trnR-ACG）可作为DNA条形码。基于106个样本的CDS数据分析构建了高分辨率系统发育树，为濒危物种保护提供了关键基因组资源。

　　玫瑰木（Dalbergia spp.）因其珍贵木材成为全球非法野生动物贸易中最猖獗的野生商品之一，导致多个物种因盗伐和栖息地破坏濒临灭绝。其中，印度次大陆特有种Dalbergia clarkei、D. matthewii和D. gardneriana因形态相似性难以通过传统方法鉴定，且系统发育关系长期存疑。本研究首次利用Illumina NovaSeq 6000平台完成这三种濒危物种的叶绿体全基因组测序，揭示其典型四分区结构（大单拷贝区、小单拷贝区及一对反向重复区），包含111个独特基因（77个PCGs、30个tRNAs和4个rRNAs）。通过扩展31种黄檀属106个样本的CDS数据集，构建了高支持度的系统发育树。此外，鉴定出trnT-UGU、ndhD、ndhA、ycf1和trnR-ACG五个突变热点区域，这些区域即使从降解DNA中也能有效用于物种鉴定。该研究为濒危黄檀属的进化分析、精准鉴定及保护策略制定提供了重要基因组学依据。