细胞间通讯对组织发育、功能和再生至关重要。单细胞基因组学技术的革新为揭示细胞在体内组织微环境中的通讯方式，以及这些微环境遭到破坏如何引发疾病和发育异常，提供了前所未有的机遇。CellPhoneDB 是一款生物信息学工具包，旨在通过整合经整理的真实配体 - 受体相互作用（ligand-receptor interactions）数据库与单细胞基因组学数据的分析方法，来推断细胞间通讯。在此，介绍 CellPhoneDB 最新版本（v5）的使用方案，它具备多项新特性。其一，数据库新增了约 1000 种非肽类配体（如类固醇激素、神经递质和小 G 蛋白偶联受体（GPCR）结合配体）介导的相互作用，规模扩充了三分之一。其二，提出了一种新的数据库使用方式，便于用户根据实验设计进行定制化查询。其三，此次更新融入了新策略，借助空间转录组学技术获取的组织微环境信息，或单细胞转座酶可及染色质测序（single-cell assay for transposase accessible chromatin assays）得到的转录因子活性信息，对特定细胞间相互作用进行优先级排序。最后，还介绍了新的 CellPhoneDBViz 模块，可实现结果的交互式可视化展示与共享。总体而言，CellPhoneDB v5 提高了细胞间通讯推断的准确性，为探究生理微环境中的组织生物学提供了新视角。该方案通常耗时约 15 分钟，要求使用者具备基础的 Python 知识。

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