irCLIP-RNP 与 Re-CLIP：解锁 RNA 上动态蛋白质组装的神秘面纱，助力攻克疾病难题

《Nature》：irCLIP-RNP and Re-CLIP reveal patterns of dynamic protein assemblies on RNA

为探究 RNA 上多蛋白组装体的性质和动态变化，研究人员开展 irCLIP-RNP 和 Re-CLIP 技术相关研究。irCLIP-RNP 揭示了 RNA 上多聚体蛋白组装模式及动态重塑，Re-CLIP 确认了蛋白结合关系。这为研究活细胞中 RNA - 蛋白组装提供了新框架。

　　RNA 结合蛋白（RBPs）调控着包括 RNA 剪接、稳定性、转运和翻译等多种过程。功能异常的 RNA - RBP 相互作用会导致人类疾病的发生。然而，对 RNA 上多蛋白组装体的性质和动态变化进行表征颇具挑战。为解决这一问题，研究人员将基于非同位素连接的紫外线诱导交联免疫沉淀（irCLIP）与质谱技术相结合（irCLIP - RNP），用以识别与任何感兴趣的 RBP 共同结合在 RNA 上的 RNA 依赖性相关蛋白（RDAPs）。irCLIP - RNP 确定了 RNA 上多聚体蛋白组装的格局，揭示了 RBP 与 RNA 的结合模式，包括 RDAPs 和主要 RBPs 之间细胞类型选择性的组合关系。irCLIP - RNP 还发现了响应表皮生长因子（EGF）时 RDAP 的动态重塑，表明 EGF 诱导的 UPF1 在 HNRNPC 附近的募集促进了细胞增殖相关 mRNA 的剪接监测。为了识别同时被多个研究的 RBPs 共同结合的 RNA，研究人员还开发了一种顺序免疫沉淀 irCLIP（Re - CLIP）方法。Re - CLIP 证实了 irCLIP - RNP 中观察到的结合关系，并确定了 HNRNPC 和 UPF1 在^RND3和^DDX3X mRNA 上的共结合。irCLIP - RNP 和 Re - CLIP 为识别和表征活细胞中动态的 RNA - 蛋白组装体提供了一个框架。