基于RNA结合蛋白表达特征的机器学习模型预测睾丸癌转移及治疗结局
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时间:2025年03月27日
来源:Genes & Genomics 1.6
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为解决睾丸癌转移预测和治疗效果评估难题,研究人员整合TCGA和GTEx数据库的转录组数据,结合GDSC/CTRP药物敏感性分析,通过ANN、RF等机器学习模型构建RBP风险评分系统(含GAPDH、HMGA1等12个基因),揭示其与M2巨噬细胞浸润、PD-L1免疫治疗耐药及顺铂/博来霉素疗效的相关性,为个体化治疗提供新靶点。
RNA结合蛋白(RBP)作为转录调控的核心分子,与睾丸癌发生发展密切相关。研究团队从癌症基因组图谱(TCGA)获取150例睾丸肿瘤和6例正常组织的RNA测序数据,联合GTEx数据库中165例正常睾丸组织数据,通过人工神经网络(ANN)、随机森林(RF)等算法筛选出GAPDH、APOBEC3G等12个关键RBP标志物。这些基因富集于生长因子活性、激素受体结合等通路,构建的风险评分模型可精准预测无进展生存期(PFI)、无病生存期(DFI)及转移状态。高评分肿瘤呈现M2型巨噬细胞浸润特征,对PD-L1抑制剂响应较差,但顺铂化疗敏感性显著提升。机器学习模型在预测淋巴结转移(准确率最高达ANN模型)及放化疗疗效方面展现突出优势,为睾丸癌精准诊疗提供全新生物标志物体系。
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