解析厌氧球菌（Anaerococcus sp.）AH8042_DFU013_CI05 全基因组序列，揭秘糖尿病足溃疡致病菌奥秘

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Complete genome sequence of Anaerococcus sp. strain AH8042_DFU013_CI05 isolated from a diabetes-related foot ulcer

为探究糖尿病相关足部溃疡中细菌的作用，来自澳大利亚阿德莱德伊丽莎白女王医院的研究人员对Anaerococcus sp. strain AH8042_DFU013_CI05 进行基因组测序。结果显示其基因组含 1,752,963bp 环状染色体和 14,073bp 质粒，这有助于了解伤口微生物群。

　　本研究展示了从澳大利亚阿德莱德伊丽莎白女王医院糖尿病相关足部溃疡中分离出的厌氧球菌（Anaerococcus sp.）菌株 AH8042_DFU013_CI05 的完整基因组序列。该基因组由一条 1752963bp 的环状染色体和一个 14073bp 的质粒组成，其 G+C 含量分别为 32% 和 29%。

厌氧球菌属（Anaerococcus）于 2001 年首次提出，以普氏厌氧球菌（Anaerococcus prevotii）为模式种，包含 15 种已有效描述的革兰氏阳性严格厌氧菌。这些菌种常从临床标本中分离出来，在糖尿病相关足部溃疡中尤为常见。

研究人员从一名男性患者左脚的糖尿病相关溃疡处采集拭子样本，经处理后在厌氧工作站培养。利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）鉴定出 6 种已知细菌和 1 种未知细菌 AH8042_DFU013_CI05。对该菌株进行培养、提取基因组 DNA，通过纳米孔测序等技术，经从头组装和注释，揭示其基因组特征，并发现存在一个完整的原噬菌体。

核糖体多位点序列分型（rMLST）确定 AH8042_DFU013_CI05 属于厌氧球菌属，但无法确定具体种。平均核苷酸同一性（ANI）分析表明，该菌株与普氏厌氧球菌（Anaerococcus prevotii）DSM 20548（NCBI: ASM2410v1）的同一性为 80.18%。系统发育树显示，AH8042_DFU013_CI05 在进化上与其他已知厌氧球菌种不同。

本研究得到 AusHealth 的支持，感谢阿德莱德大学的 George Bouras 和 Anna Sheppard 提供生物信息学支持。