Cyberlindnera sylvatica基因组测序：揭示森林酵母菌的遗传奥秘

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Genome sequence of the yeast Cyberlindnera sylvatica UCD1060, isolated from soil in Ireland

为探究Cyberlindnera sylvatica的遗传信息，研究人员开展该物种基因组测序研究。从爱尔兰土壤分离出 UCD1060 菌株，测得其基因组为 13.5 Mb，组装成七个染色体大小的重叠群和一个线粒体基因组，这为后续研究提供了基础。

　　Cyberlindnera sylvatica是法夫酵母目（Phaffomycetales）Cyberlindnera进化枝的一员。研究人员展示了C. sylvatica的基因组序列。测序菌株 UCD1060 分离自爱尔兰威克洛的土壤。该基因组大小为 13.5 Mb，被组装成七个染色体大小的重叠群以及一个线粒体基因组重叠群。

Cyberlindnera sylvatica是法夫酵母目里新近被鉴定的物种，最初在匈牙利和德国的森林中分离得到，目前尚无已知的食品或生物技术应用。因其能在 37°C 生长，可能与哺乳动物存在关联。

C. sylvatica UCD1060 菌株是从爱尔兰威克洛郡魔鬼谷一棵大橡树基部采集的土壤中分离出来的。土壤样本在含有氯霉素（30 μg/mL）和氨苄青霉素（100 μg/mL）的 9 mL 液体酵母提取物 - 蛋白胨 - 葡萄糖（YPD）培养基中于室温传代两次，之后在 YPD 琼脂平板上培养。通过对核糖体 DNA 内转录间隔区（ITS）和 D1/D2 区域进行 PCR 和桑格测序鉴定该物种。

研究人员通过酚 / 氯仿萃取法从 20°C 培养的液体 YPD 培养物中提取 DNA。利用 Illumina DNA-Prep 构建短读文库并在 NextSeq2000 仪器上测序，获得 570 万对读段（2×150 bp；127× 覆盖度）。去除接头和低质量读段后，进行长读测序。经过一系列操作后，使用 Canu 软件进行组装，并利用 Illumina 读段通过 NextPolish 进行五轮纠错。

最终组装得到七个核重叠群（总计 13.5 Mb；N₅₀ = 2,385,092 bp）和线粒体基因组（33,689 bp 环状单元）。通过 BUSCO 评估，与子囊菌谱系数据集相比，基因组完整性为 97.36%，G + C 含量为 45.92%。该研究得到了都柏林大学本科教学资源和爱尔兰科学基金会的支持。