从人类皮肤病变中分离出的牛葡萄球菌（Macrococcus bovicus）LI0213 全基因组解析及其意义

为探究与人类感染相关的牛葡萄球菌（Macrococcus bovicus）基因组信息，来自瑞士的研究人员对其开展研究。他们通过纳米孔（Nanopore）和 Illumina 测序数据混合组装，获得其完整环状基因组，这是首个源自人类的该菌完整基因组，意义重大。

　　牛葡萄球菌（Macrococcus bovicus）是哺乳动物皮肤菌群的成员，很少引发感染。牛葡萄球菌最初在牛和马身上被发现，尚未有其与感染相关的报道。NCBI 数据库中现有的牛葡萄球菌基因组是模式菌株 ATCC 51825^T的不完整草图。此次研究人员从一名 47 岁女性门诊患者背部的红斑病变处分离出牛葡萄球菌 LI0213。研究人员用 eSwab 采集感染皮肤样本，在哥伦比亚血琼脂（CBA）和含 PolyVitex 的巧克力血琼脂上划线培养，37°C 孵育 72 小时后发现 50 多个牛葡萄球菌菌落，经 16S rRNA 基因桑格测序鉴定为牛葡萄球菌，并将 LI0213 冷冻保存。从在 CBA 上 37°C 过夜培养的菌落中提取基因组 DNA，用 QIAGEN DNeasy Blood & Tissue Kit 提取，CleanNGS 磁珠纯化。分别用 Illumina NovaSeq 6000 系统（2×150-bp 双端测序）和 MinION MK1b 设备进行测序。对测序数据进行质量控制、过滤和修剪后，用 Unicycler v0.4.8 进行混合组装、环化和旋转，PGAP v6.5 注释。结果显示，LI0213 基因组由一条 2,082,488-bp 的染色体和三个质粒组成，通过正交平均核苷酸同一性（ANI）确认其为牛葡萄球菌。此外，还在 LI0213 染色体中鉴定出一个完整的原噬菌体和一个假定的噬菌体诱导染色体岛（PICI）。该研究获得了首个源自人类的牛葡萄球菌完整环状基因组，为后续研究提供了重要依据。