探秘软骨肉瘤：基因组特征揭示潜在治疗靶点，开启抗癌新征程

《JCO Precision Oncology》：Genomic Characterization of Chondrosarcoma Reveals Potential Therapeutic Targets

软骨肉瘤是罕见的软骨恶性肿瘤，全身治疗手段有限。本文通过分析大量临床测序数据，研究了三种软骨肉瘤亚型的分子和免疫特征（如 IDH1/2 突变、PD-L1 表达等），发现新潜在靶点，为临床治疗和试验设计提供重要依据，值得一读。

　　

一、研究背景

软骨肉瘤是一类源于软骨组织的罕见恶性肿瘤。在成年患者中，常见的亚型包括传统型、间叶型和去分化型软骨肉瘤 。尽管癌症治疗领域不断取得进展，但传统型软骨肉瘤仍缺乏有效的全身治疗方案。间叶型和去分化型软骨肉瘤的治疗常参考尤因肉瘤和骨肉瘤的范式，然而这种治疗方式缺乏足够的证据支持。

在软骨肉瘤研究中，IDH 突变的发现为治疗带来了新的方向，IDH 抑制剂也正在相关临床试验中进行研究 。此外，COL2A1 基因的改变在超过三分之一的软骨肉瘤中存在，但目前尚未找到针对该基因改变的临床治疗方法。同时，虽然有患者对免疫检查点抑制剂产生反应，但具体机制尚不明确，且针对传统型软骨肉瘤的免疫检查点抑制剂前瞻性研究结果为阴性 。一些临床前研究提示，部分软骨肉瘤亚型可能对免疫介导的治疗更敏感，不同亚型的 PD-L1 表达存在差异。因此，本研究旨在通过分析大量临床测序数据，刻画传统型、去分化型和间叶型软骨肉瘤的分子和免疫特征，寻找新的治疗靶点。

二、研究方法

1. 研究队列：研究人员从 Tempus 数据库中选取了 2018 年 11 月至 2023 年 5 月期间，经组织 DNA 测序，且组织学诊断为传统型、去分化型或间叶型软骨肉瘤的患者匿名记录，进行回顾性分析。该研究使用的是匿名健康信息，经机构审查委员会（IRB）豁免，不涉及人体研究。
2. 组织学分级和治疗状态判定：组织学分级依据电子健康记录系统中的结构化数据和通过技术提取的患者病历非结构化数据进行综合判定。对于治疗信息，研究人员从临床记录和报告中提取，只有记录了治疗及治疗开始日期的患者，才被纳入样本采集日期与治疗开始日期相关性的分析。
3. DNA 测序：研究采用 Tempus xT 下一代测序检测方法，该方法可检测 596 或 648 个基因（取决于版本）中的单核苷酸变异、插入或缺失、拷贝数变异，以及 22 个基因的染色体重排 。微卫星不稳定性（MSI）通过计算 239 个位点的不稳定微卫星位点比例，并经分类算法得出结果；肿瘤突变负荷（TMB）则通过将所有非沉默突变数除以 Tempus xT 面板编码区域的总大小来计算，TMB>10 突变 / Mb 被视为高 TMB。
4. PD-L1 免疫组化（IHC）检测：对于有可用 IHC 数据的病例，研究人员使用 PD-L1 抗体 22c3 评估 PD-L1 和错配修复酶的表达，由病理学家通过肿瘤比例评分（TPS）进行评估，TPS≥1% 定义为 PD-L1 阳性。
5. 统计分析：研究使用 Python 的 CoMut 包绘制 Oncoplot 图，采用 t 检验或方差分析（ANOVA）进行统计比较，在 GraphPad Prism v10 中绘制图表，在 SPSS v28 中进行卡方检验，P<0.05 被认为具有统计学意义。

三、研究结果

1. 患者特征：研究共纳入 149 例患者，其中传统型软骨肉瘤 103 例，去分化型软骨肉瘤 31 例，间叶型软骨肉瘤 15 例。不同亚型患者在年龄、种族方面存在显著差异，性别和种族分布也有所不同，部分患者的肿瘤分级和样本采集与治疗的时间关系信息未知。
2. 基因突变情况：在全部患者中，44%（n = 65）存在 IDH1 或 IDH2 突变 。传统型软骨肉瘤中，IDH1 突变占 34%（n = 35），IDH2 突变占 5.8%（n = 6）；去分化型软骨肉瘤中，IDH1 和 IDH2 突变均占 38.7%（n = 12）；间叶型软骨肉瘤未发现 IDH1/2 突变 。此外，不同亚型还有其他常见的体细胞改变，如传统型软骨肉瘤中 TP53 突变占 28%；去分化型软骨肉瘤中 TP53 突变占 68%；间叶型软骨肉瘤中 HEY1-NCOA2 融合占 87% 。部分患者还存在基因重排和其他少见突变。
3. PD-L1 表达和 TMB 情况：在 112 例有 PD-L1 IHC 数据的患者中，传统型软骨肉瘤 PD-L1 阳性率为 10%（n = 7），去分化型为 45%（n = 13），间叶型为 17%（n = 2） 。去分化型软骨肉瘤的 PD-L1 TPS 显著高于传统型软骨肉瘤，与间叶型软骨肉瘤的差异无统计学意义 。所有患者均为微卫星稳定（MSS），仅 1 例传统型软骨肉瘤患者 TMB>10 突变 / Mb，不同亚型间 TMB 差异无统计学意义。

四、研究讨论

1. 研究发现的意义：本研究明确了三种软骨肉瘤亚型的基因组和免疫特征，再次证实了传统型和去分化型软骨肉瘤中 IDH 突变的存在，并发现了 MTAP 等基因的改变，为未来临床试验设计提供了参考。研究还发现了一些罕见但具有潜在治疗意义的改变，如高 TMB 和 PD-L1 阳性，解释了部分患者对免疫检查点抑制剂有反应的可能机制。
2. 现有治疗困境及新靶点探索：目前，转移性软骨肉瘤仍缺乏有效的全身治疗方案。IDH 抑制剂在临床试验中的效果不佳，CDKN2A/B 缺失虽常见，但针对该突变的 CDK4/6 抑制剂在其他肿瘤类型中疗效不佳 。MTAP 缺失在软骨肉瘤中首次被发现，MTAP 缺失常导致甲基硫代腺苷（MTA）水平升高，MTA - 协同 PRMT5 抑制剂可选择性抑制肿瘤细胞，且已在多种 MTAP 缺失的癌症类型中显示出临床反应，因此 MTAP 缺失可能是软骨肉瘤的一个新治疗靶点 。
3. PDGFRB 突变与治疗前景：近 20% 的去分化型软骨肉瘤患者存在 PDGFRB 改变，此前伊马替尼治疗软骨肉瘤的临床试验未纳入去分化型软骨肉瘤患者且结果为阴性。鉴于 PDGFRB 突变在肉瘤中的特点以及去分化型软骨肉瘤的侵袭性，未来针对 PDGFRB 突变肉瘤患者开展伊马替尼治疗的临床试验可能具有意义。
4. PD-L1 表达与免疫治疗：去分化型软骨肉瘤 PD-L1 阳性率最高，且至少部分各亚型患者存在 PD-L1 表达，这与免疫检查点抑制剂在软骨肉瘤中的临床反应一致，提示针对去分化型软骨肉瘤开展免疫检查点抑制治疗的研究是必要的。
5. 研究的优势与局限：本研究的优势在于样本量相对较大，涵盖多种软骨肉瘤亚型，且具有临床实用性。然而，研究也存在局限性，如测序基因有限，无法检测到全外显子或全基因组测序可能发现的基因改变；病例未经过肉瘤专科病理学家的集中审查，可能存在分类错误；临床数据存在大量缺失，无法确定具体病例的临床随访和治疗情况。
6. 研究展望：综上所述，本研究进一步支持了针对 IDH 信号通路的治疗研究，并发现了 MTAP 缺失和 PDGFRB 突变等潜在治疗靶点 。基于生物标志物的临床试验有助于明确这些研究结果在临床实践中的意义和应用，为软骨肉瘤的治疗带来新的希望。