《BMC Genomics》：Genome-wide identification and analysis of GH1-containing H1 histones among poplar species
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为探究杨树组蛋白 H1 的特性与功能，西南林业大学研究人员对其进行全基因组分析，明确分类、结构等，为植物 H1 研究提供依据。
在微观的生命世界里，真核生物的 DNA 如同精密缠绕的丝线，与组蛋白紧密结合形成核小体，进而构建出复杂的染色质结构，这一结构对基因组的三维形态塑造以及基因表达调控起着关键作用。其中，组蛋白 H1（Histone H1）作为连接核小体与 DNA 的重要 “桥梁”，在维持染色质的稳定性和调控基因表达方面意义非凡。在人类和小鼠等生物中，组蛋白 H1 存在多种变体，它们在不同组织和细胞类型中各司其职，通过影响染色质的开放或关闭状态，精准调控基因的表达与否。
在植物领域，组蛋白 H1 同样展现出独特且重要的功能。以拟南芥为例，它的 H1 不仅能通过靶向甲基化 DNA 序列来调控基因转录沉默和转座子元件（TEs）的活性，还在植物生长发育的诸多过程，如种子休眠、开花时间控制、侧根形成等方面发挥关键作用。不过，目前对于不同物种间组蛋白 H1 的结构、功能和演化特征，科学家们的了解还十分有限。
杨树，作为重要的模式树种，在经济和生态领域都具有极高价值，可用于纤维生产、木材加工、生物燃料制备以及生物修复等多个方面。然而，关于杨树中组蛋白 H1 的详细信息，如它包含哪些成员、具有怎样的结构特点、在进化过程中经历了哪些变化以及发挥着何种功能，这些问题长期以来一直困扰着科研人员。为了揭开杨树组蛋白 H1 的神秘面纱，西南林业大学的研究人员开展了一项深入的研究，相关成果发表在《BMC Genomics》杂志上。
在这项研究中，研究人员运用了多种技术手段。首先，通过 BLASTP 序列相似性搜索，在毛果杨（P. trichocarpa）基因组中寻找与拟南芥组蛋白 H1 相似的蛋白，以此来鉴定杨树中的含 GH1 结构域（Nucleosome-DNA binding globular domain）的蛋白。随后，利用 MEGA 5.05 软件，基于蛋白序列构建系统发育树，分析不同蛋白之间的进化关系。同时，借助 SMART 工具分析蛋白的功能结构域，使用 I-TASSER 构建蛋白模型，以探究蛋白的结构特征。此外，研究人员还收集了不同杨树品种在不同生长阶段和处理条件下的转录组数据，并运用 qRT-PCR 技术对部分基因的表达进行验证。
研究结果表明，在毛果杨中鉴定出了 21 个含 GH1 结构域的蛋白，这些蛋白可分为三个亚组：H1 亚组、Myb (SANK) GH1 亚组和 AT-hook GH1 亚组。H1 亚组的蛋白具有典型的 H1 结构，包含保守的 GH1 结构域以及富含赖氨酸的 N 端和 C 端尾巴，这有助于它们与 DNA 结合。对不同杨树品种的研究发现，各品种中 GH1 蛋白的数量和分布存在差异，如银白杨（P. alba）的 AT-hook GH1 数量较多，胡杨（P. euphratica）的 Myb (SANK) GH1 数量较多。通过序列和系统发育分析，研究人员还发现杨树存在异常的 H1 蛋白，其结构和赖氨酸含量与典型 H1 蛋白不同。进一步分析发现，杨树 H1 蛋白可分为 H1.1、H1.2、H1.3、H1.4 和 H1.5 五个亚型，不同亚型在不同杨树品种中的数量和分布各异，但它们的结构和部分氨基酸具有保守性。
在基因表达方面，研究人员分析了毛果杨不同组织和发育阶段的转录组数据，发现 H1 蛋白在不同组织中的表达模式存在差异。例如，H1.1、H1.2 和部分 H1.4 在多种组织中高表达，而 H1.3 在幼嫩组织中表达较高，这表明 H1 蛋白在杨树的生长发育过程中发挥着重要作用，尤其是在快速生长阶段。对不同杨树品种在不同处理条件下的 H1 蛋白表达分析发现，它们的表达模式因品种和处理条件而异，暗示着 H1 蛋白在应对环境变化和发育调控中具有多样化的功能。通过 qRT-PCR 验证发现，大部分 H1 基因在云南杨（P. yunnanensis）的幼嫩生长阶段和特定胁迫处理下表达发生显著变化。
综合研究结论和讨论部分，此次研究首次对杨树组蛋白 H1 进行了全面的全基因组分析，明确了其分类、结构和进化关系。研究结果表明，杨树 H1 蛋白在结构和表达上具有多样性，这种多样性可能与它们在 DNA 甲基化、染色质结构调控以及植物生长发育和胁迫响应中的功能密切相关。该研究不仅为深入理解杨树组蛋白 H1 的功能提供了重要依据，也为后续研究植物中组蛋白 H1 的作用机制奠定了坚实基础，在植物遗传学和分子生物学领域具有重要的理论和实践意义。它有助于科研人员进一步探索植物的生长发育调控机制，为植物育种和基因工程提供新的思路和靶点，有望推动相关领域的研究取得新的突破。
