一种菌株特异性 PCR 的开发：监测耐万古霉素屎肠球菌爆发的有力诊断工具

《Antimicrobial Resistance & Infection Control》：Development of a strain-specific PCR as a diagnostic tool for surveillance, detection, and monitoring of vancomycin-resistant Enterococcus faecium during outbreak

为解决耐万古霉素屎肠球菌（VREfm）爆发监测难题，研究人员开发相关 PCR 检测方法，该方法高效且具重要意义。

　　

耐万古霉素屎肠球菌研究解读：新 PCR 检测技术助力感染防控

在医院这个本应治愈疾病的地方，却隐藏着一些 “危险分子”，耐万古霉素屎肠球菌（Vancomycin-resistant Enterococcus faecium，VREfm）就是其中之一。它在医院环境里肆意传播，给患者带来极大威胁。由于大量使用抗生素，很多患者免疫力低下，这使得 VREfm 能够轻松找到 “宿主”。而且它还能在物体表面存活很长时间，悄无声息地污染环境，引发感染。一旦感染 VREfm，患者住院时间会延长，死亡率上升，医疗费用也会大幅增加。

传统的抗生素敏感性测试在检测 VREfm 时存在诸多问题，它可能无法发现潜在的万古霉素耐药性，漫长的培养时间也会延误诊断。全基因组测序（Whole-Genome Sequencing，WGS）虽然是追踪传染病传播的精确方法，但它的检测速度不够快，在疫情爆发时，无法及时为防控提供有力支持。为了解决这些难题，来自荷兰格罗宁根大学医学中心（University Medical Center Groningen）等机构的研究人员开展了一项重要研究。

研究人员首先收集了 VREfm 分离株的样本，这些样本来自荷兰北部地区在 2021 年 8 月至 2024 年 9 月期间爆发的 VREfm 疫情，涉及 111 名患者。他们运用牛津纳米孔（Oxford Nanopore）和 Illumina 平台对分离株的总 DNA 进行测序，通过 Ridom SeqSphere + 软件确定多位点序列类型（Multi locus sequence types，MLST-ST）和核心基因组序列类型簇（core genome sequence type clusters，cgMLST-CT） ，使用 Lasergene 软件（DNASTAR）进行全基因组的比较分析。

在研究结果部分，研究人员对此次爆发进行了详细描述。经确认，这次疫情由 E. faecium ST117-CT469 菌株引起，其中 3 名患者出现感染症状需要治疗，其余患者为定植病例。抗生素敏感性测试显示，大部分分离株对关键治疗抗生素的敏感性存在差异，还发现了潜在的万古霉素耐药性。通过 SNP-based 系统发育分析，研究人员发现爆发菌株的遗传多样性较低。对染色体的研究表明，不同分离株的染色体存在噬菌体、新型复合转座子以及染色体倒位等差异，还确定了携带糖肽类抗生素耐药基因的转座子的结构和插入位点，同时对质粒等细胞外遗传元件进行了分析。

在关键的 PCR 检测方法开发上，研究人员针对 ST117CT469 菌株开展比较基因组分析，确定了独特的生物标志物，并开发出两种 PCR 检测方法。Marker3 传统 PCR 检测通过扩增子大小区分爆发和非爆发菌株，Marker4 TaqMan 实时 PCR 检测则具有更高的灵敏度，能检测出极微量的细菌 DNA。这两种检测方法都具有 100% 的可重复性和特异性。

综合研究，研究人员得出结论：开发和验证的针对 ST117-CT469 的爆发特异性 TaqMan PCR 检测，在快速检测 VREfm 方面取得重要进展。它大大缩短了准确诊断 VREfm 携带者的时间，有利于患者管理，减轻了医院资源压力。该检测方法灵敏度高、特异性强，适合高通量系统，能有效弥补传统培养方法的不足。未来，研究团队计划开发针对不同 VREfm 爆发菌株的 TaqMan PCR 工具箱，进一步提升荷兰医院对 VREfm 爆发的防控能力。

这项研究发表在《Antimicrobial Resistance & Infection Control》杂志上，为全球医院防控 VREfm 感染提供了重要的参考和借鉴，有望推动感染控制领域的进一步发展，拯救更多患者的生命。