《npj Genomic Medicine》：The Utah NeoSeq Project: a collaborative multidisciplinary program to facilitate genomic diagnostics in the neonatal intensive care unit
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研究人员开展犹他 NeoSeq 项目，对危重新生儿进行快速全基因组测序（rWGS），证明多学科协作诊断可行，有重要意义。
在新生儿重症监护室（NICU）中，遗传疾病是导致危重新生儿发病和死亡的重要原因。许多遗传疾病临床进展迅速，这就迫切需要快速确定潜在的遗传变异，以便为新生儿制定早期、个性化的治疗方案。此前研究表明，下一代测序技术，尤其是全基因组测序（WGS），能够通过快速、精确的干预，实现早期诊断并改善新生儿预后。然而，WGS 在新生儿重症监护临床一线应用时，面临着诸多障碍。例如，技术和分析层面在识别致病变异上存在局限，同时还面临监管和实施方面的挑战。此外，保险覆盖范围的差异、检测成本以及检测开发和验证的费用，都限制了基因组检测的可及性 。
为了突破这些困境，来自美国犹他大学等机构的研究人员开展了犹他 NeoSeq 项目（The Utah NeoSeq Project）。该项目的成果发表在《npj Genomic Medicine》上，为新生儿重症监护室的基因组诊断带来了新的希望。
研究人员采用多学科协作的模式，整合临床医生和科学家的力量。参与项目的机构包括 ARUP Laboratories、犹他遗传发现中心（UCGD）以及犹他大学儿科学系等。他们通过临床 staff、分子测序实验室和基因组研究中心之间的合作，为犹他大学 NICU 的危重症患者提供服务，同时开发和测试具有广泛应用潜力的基因组数据解释工具。
在研究方法上，研究人员为符合条件的危重新生儿及其亲生父母提供参与研究的机会。样本方面，收集新生儿的脐带血或静脉血以及父母的静脉血，并送往 ARUP Laboratories 进行处理。测序技术上，使用 Illumina 平台进行文库制备和测序，针对不同家庭采用不同的文库制备流程。数据分析阶段，运用多种生物信息学工具进行变异检测、注释和筛选 。此外，还会定期对未确诊病例进行重新分析，并对部分病例开展长读长测序、RNA 测序以及功能分析等。
研究结果令人欣喜。在人口、招募和同意方面，研究从 2020 年 2 月至 2023 年 5 月进行，66 个家庭中 65 个（98.5%）选择参与研究，且父母对接收医学可操作的偶然发现的总体选择加入率为 94%。在报告和确认环节，研究共确定了 26 名（40%）患有诊断性致病或可能致病变异的患者，以及 7 名（11%）带有强候选致病变异的病例。从确诊到生成结果信的平均周转时间为 11.8 天，诊断结果的平均周转时间为 6.4 天 。在定期重新分析、长读长测序和 RNA 测序方面，部分未确诊病例在重新分析时得到诊断，RNA 测序还确认了部分病例的诊断。在测量检测结果和效用上，父母调查显示多数父母理解测序过程，但少数存在决策冲突和后悔；提供者调查表明 79%（41/52）的结果和 86%（19/22）的诊断结果 “非常有用” 或 “有用”，且与管理变化相关。
研究结论和讨论部分指出，犹他 NeoSeq 项目证明了多学科协作诊断模式的可行性，开发出了可推广的协作协议。该项目不仅为临床管理、咨询和家庭规划提供了早期遗传诊断的实用价值，还为其他中心对未确诊患者的诊断提供了参考路径。同时，研究也存在一定局限性，如单中心研究、受 COVID-19 疫情影响导致部分符合条件的患者未纳入研究，且早期并非所有患者都能接受 RNA 和长读长测序。不过，目前这些技术正在对本研究中的未确诊病例以及犹他大学三级 NICU 中临床 rWGS 未确诊的患者进行回顾性和前瞻性应用，以进一步评估其对无统一诊断的新生儿的效用。总之，犹他 NeoSeq 项目在新生儿重症监护室基因组诊断领域迈出了重要一步，为未来的研究和临床实践奠定了坚实基础。
