宏基因组下一代测序在腹膜透析相关性腹膜炎病原体检测中的临床价值

《European Journal of Medical Research》：Clinical efficacy of metagenomic next-generation sequencing for the detection of pathogens in peritoneal dialysis-related peritonitis: a prospective cohort study

为解决腹膜透析相关性腹膜炎（PD）病原体检测难题，研究人员开展 mNGS 检测研究，发现其优势明显，助力诊断。

　　腹膜透析（Peritoneal Dialysis，PD）是终末期肾病患者重要的肾脏替代治疗方式之一，然而，腹膜透析相关性腹膜炎却是 PD 患者常见且令人头疼的并发症，它不仅是导致 PD 技术失败的主要原因，还严重影响患者的生活质量和预后。

目前，常规微生物培养是检测 PD 相关性腹膜炎病原体的常用方法，但它存在诸多弊端。一方面，培养过程耗时久，往往需要数天时间才能出结果，这使得患者不得不长时间接受经验性抗生素治疗，增加了抗生素相关并发症的风险；另一方面，其阳性率在许多中心都不尽人意，对于一些难以培养的特殊病原体，更是难以准确识别，导致初始治疗方案中常常无法包含针对性药物，进而造成较高的治疗失败率。

为了攻克这些难题，来自南京大学医学院附属鼓楼医院肾内科的研究人员开展了一项前瞻性队列研究，旨在探索宏基因组下一代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在 PD 相关性腹膜炎病因诊断中的价值。该研究成果发表在《European Journal of Medical Research》上。

在这项研究中，研究人员采用了两种关键技术方法：一是常规微生物培养，将患者的透析液样本注入特定培养瓶后，利用全自动血培养仪进行细菌培养，并通过 VITEK2 系统测定药敏；二是 mNGS 检测，对透析液样本进行核酸提取、文库制备等一系列操作后，在特定测序平台上测序，再将数据与病原微生物基因组数据库比对分析。研究样本来自 2021 年 8 月 1 日至 2022 年 8 月 31 日期间连续招募的 PD 相关性腹膜炎患者。

研究结果如下：

• 阳性率和报告时间：mNGS 的阳性率为 92.7%，虽高于常规培养的 78.0%，但差异无统计学意义；不过，mNGS 的平均报告时间（30.4±10.5h）显著短于常规培养（86.9±22.2h）。这意味着 mNGS 能更快速地为临床提供检测结果，有助于医生及时制定精准的治疗方案。
• 病原体谱：mNGS 检测出的病原体种类和数量都多于常规培养。在 38 个 mNGS 阳性样本中，近一半样本检测到多种病原体，共报告了 22 种不同病原体，涵盖细菌和真菌；而常规培养仅分离出 18 种病原体，且多数样本只检测到 1 种病原体。这表明 mNGS 在病原体检测方面具有更高的灵敏度和更广泛的覆盖范围。
• 检测一致性：在两种方法均为阳性的 30 个样本中，mNGS 与常规培养的结果完全匹配或部分匹配的比例高达 90%。这说明在大多数情况下，mNGS 与常规培养的检测结果具有较好的一致性，为临床诊断提供了更可靠的依据。
• 抗生素影响：使用抗生素会显著降低常规培养的阳性率（57.1% vs 88.9%），而 mNGS 的阳性率不受影响（92.9% vs 92.6%）。这一结果表明，对于有抗生素使用史的患者，mNGS 在病原体检测方面具有明显优势。

研究结论和讨论部分指出，mNGS 在 PD 相关性腹膜炎病原体检测中展现出较高的灵敏度和较短的报告时间，对于双阳性样本，mNGS 与常规培养的一致性良好。因此，mNGS 为 PD 相关性腹膜炎的病因诊断提供了一种新的方法，尤其适用于有抗生素使用史和存在不常见病原体的病例。不过，该研究也存在一些局限性，如样本量较小、缺乏阴性对照、mNGS 在数据分析时难以区分感染与污染或定植，且无法提供药敏信息等。

尽管如此，这项研究仍然具有重要意义。它为临床医生在 PD 相关性腹膜炎的诊断和治疗上提供了新的思路和有力工具，有助于提高诊断的准确性和及时性，为患者制定更精准的治疗方案，改善患者的预后。未来，还需要更多大规模、多中心的研究来进一步验证 mNGS 的临床价值，完善其检测流程和数据分析方法，使其更好地服务于临床实践。