《Discover Oncology》:Causal role of immune cells in head and neck squamous cell carcinoma
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为探究免疫细胞表型与头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)关系,研究人员开展孟德尔随机化分析,明确因果关系,提供诊疗新视角。
在医学领域,头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)一直是个令人头疼的难题。它是全球第五大常见癌症,每年有超过 89 万新发病例和 45 万人死亡。HPV 感染、慢性炎症刺激、吸烟、嚼槟榔等都是它的高危因素。肿瘤微环境(TME)中,免疫细胞的异常激活和功能障碍在 HNSCC 的发生发展中起着关键作用。而且免疫细胞组成复杂,个体间遗传差异大,其在 HNSCC 中的作用尚不明确。同时,代谢变化与肿瘤细胞增殖及抗肿瘤免疫活性抑制密切相关,但免疫细胞代谢、代谢物与 HNSCC 之间的因果关系也缺乏研究。为了攻克这些难题,来自台州中心医院(台州大学医院)和西安交通大学健康科学中心的研究人员展开了深入研究。他们的研究成果发表在《Discover Oncology》上,为 HNSCC 的临床诊疗带来了新的希望。
研究人员采用了多种关键技术方法。首先,从多个公开数据库获取数据,包括 GWAS 目录、IEU 数据库、GEO 数据库等,收集了免疫表型、HNSCC 以及代谢物相关的基因组数据。然后利用 R 包 TwoSampleMR 进行孟德尔随机化(MR)分析,筛选工具变量,评估免疫表型、代谢物与 HNSCC 之间的因果关系。通过单细胞 RNA 测序分析筛选免疫细胞亚型,利用 BayesPrism 基于单细胞数据推断批量样本的细胞组成,用 limma 计算组间差异表达基因(DEGs),并通过定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和生存分析对相关基因进行验证。
研究结果主要如下:
- 免疫表型与 HNSCC 的关联:通过 IVW 方法分析发现,17 种免疫表型对 HNSCC 有因果效应,但 EM CD4+ AC 表现出反向因果关系,后续被过滤。最终确定 16 种免疫表型与 HNSCC 存在因果关系,其中 HLA DR+ CD4+ AC(优势比 OR:1.31,95% 置信区间 1.07 - 1.59,P<0.01)和 EM CD8br AC 细胞(OR:1.36,95% 置信区间 1.14 - 1.62,P<0.01)的 P 值最显著。
- 代谢物与 HNSCC 的关联:13 种代谢物与 HNSCC 存在因果关系(P<0.05) ,如二十二碳五烯酸 n3 DPA、2 - 棕榈酰 - GPC(16:0)等。
- 代谢物的中介分析:调整 P 值 < 0.01 后,筛选出两种免疫表型进行下游分析。HLA DR+ CD4+ AC 可能通过胆红素降解产物 C16H18N2O5(3)水平间接导致 HNSCC,中介比例为 7.17%(95% 置信区间 1.04% - 13.3%);EM CD8br AC 可能通过影响谷氨酰胺与丙氨酸的比例间接导致 HNSCC,中介比例为 8.88%(95% 置信区间 2.2% - 15.6%)。
- 两种免疫亚群的鉴定:对单细胞数据降维聚类,排除 NK 细胞群后,基于相关基因标记鉴定出 HLA DR+ CD4+ AC 和 EM CD8br AC。这两种细胞在 HNSCC 微环境中普遍存在,且高表达预示着患者预后较差。
- 基于两种免疫亚群表达的 DEGs 分析:基于 HLA DR+ CD4+ AC 比例鉴定出的 DEGs 中,IFIT1 显著上调,FDCSP 显著下调;基于 EM CD8br AC 比例鉴定出的 DEGs 中,KRT19 显著上调,KLK5 显著下调。功能富集分析表明,HLA DR+ CD4+ AC 的 DEGs 主要富集在抗病毒免疫相关通路,EM CD8br AC 的 DEGs 主要富集在代谢相关通路。
- FDCSP 表达与 HNSCC 预后的关系:qRT-PCR 和生存分析显示,FDCSP 在 HNSCC 中显著下调,高表达 FDCSP 的患者预后更好。
研究结论表明,该研究利用孟德尔随机化明确了免疫细胞和代谢物在 HNSCC 发生中的作用。确定了两种与 HNSCC 最可能存在因果关系的免疫细胞,证实 FDCSP 可能是抗癌治疗的分子靶点。这为未来 HNSCC 免疫治疗和化疗靶点的开发提供了实验和理论基础。不过研究也存在局限性,GWAS 数据基于欧洲人群,结论的普适性有待验证;代谢物的中介作用较弱,需探索更准确的中介因素;EM CD8br AC 与 B 细胞及相关抗体基因的临床意义也需进一步研究。但总体而言,这项研究为 HNSCC 的研究和治疗开辟了新的方向,具有重要的科学价值和临床意义。
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