山药基因组 SSR 标记挖掘与遗传多样性研究：助力育种新突破

《Genetic Resources and Crop Evolution》：Development of high-throughput simple sequence repeat (SSR) markers for Chinese yam (Dioscorea opposita Thunb.) and genetic diversity and association analysis using phenotypic and genotypic traits

研究人员挖掘山药基因组 SSR 标记，揭示其遗传多样性，为育种提供科学依据。

　　山药（Dioscorea opposita Thunb.）在中国有着悠久的栽培和应用历史，是重要的药食两用植物。然而，分子标记的缺乏限制了山药遗传育种的效率和准确性。在本研究中，基于山药全基因组序列信息，挖掘并鉴定出 216,009 个简单序列重复（SSR）位点。二核苷酸是主要的重复基序，(AT)_n (AAT)_n (AAAT)_n (AAAAT)_n (AAAAAT)_n (AAAAAT)_n是最常见的重复基序，对应二核苷酸到六核苷酸重复。该研究成功开发了 44 个新型多态性 SSR 标记，这些标记分布在大部分染色体上。邻接法（NJ）聚类、主坐标分析（PCoA）和遗传结构分析表明，101 份山药种质的遗传结构与其种质来源密切相关。随后，研究人员对这 101 份山药种质的 14 个表型特征进行了调查，其香农 - 威纳指数（H′）值在 0.36 - 2.03 之间。聚类分析和主成分分析显示，这 101 份山药种质表现出显著的遗传多样性。关联分析表明，分别有 1 个、1 个、1 个、4 个、1 个、3 个、1 个和 3 个标记与茎粗、叶形、叶长、叶宽、叶柄长、叶柄颜色、性别类型和单薯重呈极显著（p?< 0.01）相关。这些分析结果不仅为全面评估山药种质资源奠定了基础，还为未来利用分子标记的育种策略提供了有价值的科学依据。通过这些分析，能够更准确地识别和利用山药的遗传变异，从而提高育种效率和品种改良成功率。