伯纳德特鲁珀菌（Trueperella bernardiae）UMB8254 全基因组测序揭示其潜在特性

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Complete genome sequence of Trueperella bernardiae strain UMB8254, isolated from the bladder of a female with metabolic syndrome and nephrolithiasis

为探究伯纳德特鲁珀菌特性，研究人员对其 UMB8254 菌株测序，获全基因组序列。

　　伯纳德特鲁珀菌（Trueperella bernardiae）通常在多种微生物群落中被分离出来，且较少见，它来自出现各种症状和疾病的人类宿主。在此，研究人员报告了从一名患有代谢综合征和肾结石的女性膀胱中分离出的伯纳德特鲁珀菌（UMB8254）的完整基因组序列。

伯纳德特鲁珀菌是一种革兰氏阳性、多形性、不形成芽孢、无运动性、无荚膜的兼性厌氧杆菌，其特点是发酵代谢和强蛋白水解活性。这种过氧化氢酶阴性的球杆菌是人类和动物的机会性新兴病原体。最初从血液、骨骼、脓肿和皮肤感染中分离出的菌株，最初被命名为疾病预防控制中心发酵棒状杆菌群 2（CDC 群 2）。经过系统发育重新评估，该物种被重新归类到特鲁珀菌属（Trueperella）。在这个属中，只有伯纳德特鲁珀菌和产热特鲁珀菌在人类中被报道过，都与轻度至重度感染和脓肿有关，比如肾盂肾炎后的败血症。目前尚不清楚伯纳德特鲁珀菌在皮肤、口咽或泌尿道微生物群中是共生菌还是机会致病菌。在基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）出现之前，在常规实验室中准确鉴定伯纳德特鲁珀菌等细菌物种很困难。伯纳德特鲁珀菌倾向于在多种微生物感染中被发现，免疫抑制患者似乎感染风险更高。

在这项研究中，研究人员展示了伯纳德特鲁珀菌菌株 UMB8254 的完整基因组序列。该菌株于 2018 年 1 月 31 日从美国伊利诺伊州梅伍德洛约拉大学医学中心一名女性泌尿科患者经尿道导管获取的膀胱尿液中分离出来，这是一项观察与肾结石形成相关微生物的前瞻性研究的一部分，该研究经过洛约拉大学机构审查委员会批准（LU208983） 。该患者被诊断患有肾结石，并且根据美国国家胆固醇教育计划成人治疗小组 III 的定义，符合代谢综合征标准。该菌株最初通过 MALDI-TOF 质谱法鉴定为伯纳德特鲁珀菌，具体方法是将尿液在含有 5% 补充 CO₂气体的羊血琼脂平板上于 37°C 孵育 48 小时，然后进行单菌落分离、质谱分析和冷冻保存。为了分离 DNA，从冷冻保存的样本中培养，使用与鉴定相同的条件和方法。

该菌株的长读长牛津纳米孔序列的 DNA 提取和测序由 SeqCenter 完成，使用 ZymoBIOMICS DNA 小提试剂盒和牛津纳米孔技术连接测序试剂盒 V14 以及 NEBNext 配套模块，按照制造商的规格进行操作，没有进行额外的 DNA 片段化或大小选择。测序在 MinION 平台的 R10.4.1 流动细胞上进行，使用 Guppy v6.4.6 进行碱基识别、解复用和接头去除。

组装工作利用牛津纳米孔序列读数完成，除非另有说明，所有软件均使用默认参数。使用 NanoFilt v2.8.0 过滤低质量序列，通过 fastQC v0.11.9 和 NanoStat v1.6.0 进行质量评估。高质量读数用于使用 Flye v.2.9 进行组装。使用 QUAST v5.2.0 验证基因组组装质量，并使用 circlator v1.5.5 进行环化。使用 PGAP v6.7 进行基因组注释。通过综合抗生素耐药性数据库（CARD）筛选 “严格匹配”，发现与基因 ErmX 匹配，表明该菌株可能存在大环内酯类耐药性。

研究人员感谢泌尿科以及洛约拉泌尿教育与研究合作组织的成员，他们招募了患者，并收集和处理了标本。这项研究由 Pathnostics 提供资金支持。