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为探究微管形成的起源问题,研究人员开展 Asgard 古菌中微管形成相关研究,发现了可形成微管的 tubulins,为理解微管组装提供框架。
在微观的细胞世界里,细胞骨架就像是细胞的 “脚手架”,支撑着细胞的各种活动。其中,微管(Microtubules)作为真核细胞的标志性结构之一,在细胞内物质运输、细胞分裂等过程中发挥着关键作用。然而,微管的起源一直是生物学领域的一个谜团。在漫长的生物进化历程中,微管是如何从简单的原核生物逐渐演化形成的?这个问题吸引着众多科学家不断探索。
此前研究发现,真核生物的两大主要细胞骨架成分 —— 肌动蛋白丝(actin filaments)和微管,可追溯到最后真核共同祖先(LECA)。Asgard 古菌作为与真核生物亲缘关系最近的已知生物,拥有许多真核生物标志性蛋白质,但微管的起源在这一领域却尚未明确。虽然原核生物中存在大量 tubulin 同源物,如 FtsZ,可介导细胞分裂,但它们通常形成同聚体和非管状超结构,与真核生物微管差异明显。在细菌中发现的 BtubA/B 虽能形成异二聚体并聚合成原丝和微型微管,但其功能和起源也存在诸多争议。因此,探索微管的起源,揭示其演化轨迹,成为了生命科学领域亟待解决的重要问题。
为了揭开微管起源的神秘面纱,来自瑞士苏黎世联邦理工学院(Eidgen?ssische Technische Hochschule Zürich)和奥地利维也纳大学(University of Vienna)的研究人员展开了深入研究。他们的研究成果发表在《Cell》杂志上,为我们理解微管的演化提供了重要线索。
研究人员采用了多种先进技术方法来开展此项研究。通过冷冻电镜断层扫描(cryo-ET)技术,研究人员得以观察 Ca. L. ossiferum 细胞的超微结构;利用蛋白质组学(Proteomics)和转录组学(Transcriptomics)分析,检测细胞中蛋白质和基因的表达情况;借助单颗粒冷冻电镜(cryo-EM)技术,确定蛋白质的结构;运用超微结构扩展显微镜(U-ExM)技术,在细胞内可视化目标蛋白的定位 。
研究结果如下:
- Ca. L. ossiferum 细胞中的细胞骨架元件:研究人员通过 cryo-ET 技术观察 Ca. L. ossiferum 细胞,发现除了 Lokiactin 形成的丝状结构外,还存在多种不同类别的丝状结构,包括贯穿细胞体的连续弯曲结构、位于细胞突起中的管状结构以及细胞突起连接处的细纤维等1。
- Asgard tubulins 的表达与特征:蛋白质组学分析显示,Ca. L. ossiferum 细胞中表达两种 Asgard tubulins(AtubA/B),且二者以等摩尔比表达。AtubA/B 与细菌的 BtubA/B 序列相似性最高,并与真核生物的 tubulins 聚类在一起。转录组学分析表明,所有 tubulin 基因在对数生长早期转录水平较高23。
- Asgard tubulins 形成异二聚体:研究人员利用昆虫细胞表达系统纯化 AtubA/B,cryo-EM 分析显示,AtubA/B 形成类似于真核生物 tubulin 的异二聚体。AtubA 占据 β-tubulin 位置,AtubB 占据 α-tubulin 位置,其核苷酸结合口袋高度保守,且 AtubA 的 T7 环缺乏关键的 GTP 酶激活酸性残基45。
- AtubB2 对异二聚体形成的影响:Ca. L. ossiferum 基因组编码的 AtubB2 可与 AtubA 形成非典型异二聚体。AtubB2 能竞争性取代 AtubB,且 AtubA/B2 异二聚体的界面不含 GTP,其结构比 AtubA/B 更稳定67。
- Asgard tubulins 形成微管:在体外实验中,AtubA/B 和 AtubA/B2 在特定条件下可聚合成微管。AtubA/B 形成 5 原丝微管,AtubA/B2 形成 7 原丝微管,二者的侧向相互作用方式不同。AtubA/B 微管的组装具有 GTP 依赖性,且对温度敏感89。
- Asgard tubulins 在体内的组装情况:通过 U-ExM 技术结合免疫荧光染色,研究人员在 Ca. L. ossiferum 细胞中观察到 AtubA/B 形成的丝状结构,但仅在少数处于早期对数生长期的细长细胞中发现1011。
研究结论与讨论部分指出,该研究发现的能形成微管的 Asgard tubulins,为微管的起源提供了新的见解,表明微管形成的 tubulins 可能起源于前真核生物。AtubA/B 似乎是原核 / 细菌同聚体丝状形成 tubulins 与真核异二聚体微管形成 tubulins 之间的真正中间体,这一发现对多个研究领域具有重要意义。在微管组装和进化方面,研究揭示了微管进化的关键步骤,为理解微管组装机制提供了框架。在 Asgard 细胞生物学方面,尽管 tubulins 在 Asgard 古菌中的功能仍不明确,但研究结果提示其可能具有更特殊的功能,如移动遗传元件的分离。此外,研究还为 PVC 超门细菌中微型微管的起源提供了新解释,表明可能存在广泛的水平基因转移。总之,这项研究为我们理解微管的起源和演化提供了重要依据,也为后续相关研究开辟了新的方向。