Lumpy Skin Disease Virus (LSDV) in Indonesia: Genomic Insights and Economic Implications

研究人员针对印尼牛结节皮肤病病毒（Lumpy Skin Disease Virus, LSDV）开展研究，揭示其基因组序列与传播规律，为防控提供科学依据，具有重要的经济意义

　　2022年，印尼中爪哇省爆发牛结节皮肤病（Lumpy Skin Disease, LSD），该病由牛结节皮肤病病毒（Lumpy Skin Disease Virus, LSDV）引起，给畜牧业带来巨大经济损失。LSDV是一种双链DNA病毒，属于痘病毒科（Poxviridae）山羊痘病毒属（Capripoxvirus），主要感染牛。研究团队在2022年10月从感染LSD的病牛皮肤结节中收集样本，利用牛痘病毒运输培养基保存，并在-80°C下储存。通过实时逆转录聚合酶链式反应（real-time reverse transcription-PCR, rRT-PCR）检测到高载量的LSDV（Ct值=15.6）。随后采用牛津纳米孔技术（Oxford Nanopore Technologies, ONT）进行全基因组测序。经过一系列生物信息学分析，包括使用Porechop去除接头序列、NanoStat生成统计摘要、Minimap2比对参考基因组以及Prokka进行基因组注释等，成功获得了LSDV（LSDV/Semarang/A04224595/2022）的完整编码序列。该基因组长度为150,689 bp，GC含量为25.9%，平均测序深度为139.9×，与2019年至2021年在东亚和东南亚检测到的4种LSDV毒株以及2022年印尼廖内省（Riau Province）首次发现的2种LSDV毒株的基因组序列高度相似（99.99%），仅存在2-4个核苷酸差异。系统发育树分析显示，所有印尼LSD病毒均聚集在2.5分支（clade 2.5）。这些发现为理解LSDV的传播路径和进化提供了重要信息，也为制定有效的防控策略以减少畜牧业经济损失奠定了基础。