Lumpy Skin Disease Virus (LSDV) in Indonesia: Genomic Insights and Economic Implications

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Complete coding sequence of the Lumpy skin disease virus collected from cattle in Central Java, Indonesia, 2022

研究人员针对印尼牛结节皮肤病病毒（Lumpy Skin Disease Virus, LSDV）开展研究，揭示其基因组序列与传播规律，为防控提供科学依据，具有重要的经济意义

　　2022年，印尼中爪哇省爆发牛结节皮肤病（Lumpy Skin Disease, LSD），该病由牛结节皮肤病病毒（Lumpy Skin Disease Virus, LSDV）引起，给畜牧业带来巨大经济损失。LSDV是一种双链DNA病毒，属于痘病毒科（Poxviridae）山羊痘病毒属（Capripoxvirus），主要感染牛。研究团队在2022年10月从感染LSD的病牛皮肤结节中收集样本，利用牛痘病毒运输培养基保存，并在-80°C下储存。通过实时逆转录聚合酶链式反应（real-time reverse transcription-PCR, rRT-PCR）检测到高载量的LSDV（Ct值=15.6）。随后采用牛津纳米孔技术（Oxford Nanopore Technologies, ONT）进行全基因组测序。经过一系列生物信息学分析，包括使用Porechop去除接头序列、NanoStat生成统计摘要、Minimap2比对参考基因组以及Prokka进行基因组注释等，成功获得了LSDV（LSDV/Semarang/A04224595/2022）的完整编码序列。该基因组长度为150,689 bp，GC含量为25.9%，平均测序深度为139.9×，与2019年至2021年在东亚和东南亚检测到的4种LSDV毒株以及2022年印尼廖内省（Riau Province）首次发现的2种LSDV毒株的基因组序列高度相似（99.99%），仅存在2-4个核苷酸差异。系统发育树分析显示，所有印尼LSD病毒均聚集在2.5分支（clade 2.5）。这些发现为理解LSDV的传播路径和进化提供了重要信息，也为制定有效的防控策略以减少畜牧业经济损失奠定了基础。