印度家蚕中分离的 Mammaliicoccus sp. RAM2 基因组草图：探索潜在威胁与遗传奥秘

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Decoding the genomic landscape of Mammaliicoccus sp. RAM2 isolated from flacherie-infected Bombyx mori L.

印度研究人员从感染软化病的家蚕中分离出 Mammaliicoccus sp. RAM2 并测序，为物种鉴定提供遗传依据。

　　Mammaliicoccus 属物种被认为是机会性人畜共患病原体。此次报告了从印度拉伊根杰大学感染软化病的家蚕（Nistari 品种）中分离出的 Mammaliicoccus sp. RAM2 的基因组草图序列，这为精确的物种水平鉴定提供了有价值的遗传见解。

Mammaliicoccus 属由非运动性革兰氏阳性细菌组成，广泛分布于人类样本、农业环境和野生动物栖息地。该属细菌有助于抗生素耐药基因的传播，并且已证实会感染家蚕，对公众健康构成风险。

Mammaliicoccus sp. 菌株 RAM2 是从家蚕幼虫的血淋巴中分离出来的。采集的血淋巴在磷酸盐缓冲液（PBS）中进行系列稀释，然后涂布在甘露醇盐琼脂（MSA）平板上（成分：蛋白胨 10.0 克、氯化钠 75.0 克、D - 甘露醇 10.0 克、HM 蛋白胨 B 1.0 克、酚红 0.025 克、琼脂 15.0 克、蒸馏水 1 升，pH 值 7.4），并在 30°C 下孵育过夜。孵育后，挑取单个菌落并转移到新鲜的 MSA 平板上，以获得纯培养物。这些培养物在 MSA 平板上保存多达 12 代，之后在 20% 甘油中于 - 80°C 保存。

RAM2 的基因组 DNA 通过标准的酚 - 氯仿法提取。在测序前，使用 Illumina NovaSeq 6000 平台（印度艾哈迈达巴德的 Neuberg Diagnostics Pvt. Ltd. 公司）构建配对末端文库。DNA 文库使用 KAPA HyperPlus 试剂盒（罗氏 #07962428001）制备。最终的 DNA 文库按照制造商的方案，使用 Qubit 4.0 荧光计（赛默飞世尔 #Q33238）和 DNA HS 检测试剂盒（赛默飞世尔 #Q32851）进行定量。使用 TapeStation 4150 系统（安捷伦）和高灵敏度 D1000 Screentapes（安捷伦# 5067–5582）按照制造商的方案确定文库的插入片段大小，共产生 23,856,714 条读数，配对末端读长为 2×150 bp。

使用 FastQC v.0.11.9（默认参数）对样本的原始 fastq 读数进行质量评估。原始 fastq 读数使用 Fastp v.0.23.4 进行预处理（参数：--length_required 50—correction --trim_poly_g --qualified_quality_phred 30—unqualified_percent_limit 30—average_qual 30）。处理后的数据再次使用 FastQC 进行评估。处理后的读数使用 Unicycler v.0.4.4 以默认参数进行从头组装。使用 CheckM2 v.1.0.1 评估组装基因组的完整性和污染率。通过 NCBI 原核基因组注释管道（PGAP）v6.9，采用最佳参考蛋白质集和 GeneMarkS - 2 + 方法进行注释。组装产生了包含 42 个重叠群的基因组草图序列。N₅₀值为 294,727 bp，L₅₀计数为 4。估计基因组大小为 2,786,715 bp，G + C 含量为 32.39%，覆盖度为 1107.55x。总共注释了 2,765 个编码序列，包括 3 个 rRNA 基因（1 个 5S、1 个 16S 和 1 个 23S rRNA 基因）和 50 个 tRNA 基因。最后，使用 CGView Server 生成了 RAM2 的基因组图谱。基因组中存在如 salC、sdrM、sepA、vanY（在 vanF 簇中）和 vanT（在 vanG 簇中）等抗生素耐药基因，这为了解该分离株的基因型多样性、宿主 - 微生物相互作用、分子发病机制以及抗菌药物耐药性（AMR）的新威胁提供了线索。这强调了持续监测和开发新疗法以对抗 AMR 的必要性。

Rittick Mondal 感谢印度政府科学与技术部提供的 DST - INSPIRE 博士奖学金（DST - INSPIRE - SRF；INSPIRE 代码 - IF190457）。Amit Kumar Mandal 感谢印度 DST - SERB 提供的财政援助（批准订单号 EEQ/2021/000058）。