从废水中分离出的抗铜绿假单胞菌裂解性噬菌体 Minga - mokiny 4：潜在的治疗新希望

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：A complete genome of an obligately lytic Pseudomonas aeruginosa bacteriophage, Minga-mokiny 4

来自澳大利亚的研究人员针对铜绿假单胞菌感染问题，开展噬菌体研究，分离出 Minga - mokiny 4，有治疗潜力。

　　铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一种革兰氏阴性菌，在环境中广泛存在。它会感染免疫功能低下或患有慢性疾病的人群，给他们的健康带来严重影响。传统抗生素往往难以有效清除这些感染，还会导致抗菌药物耐药性（AMR）的出现。而且，新抗生素研发投入不足，这对治疗难治性感染构成了公共卫生威胁。噬菌体疗法作为一种有前景的生物治疗手段，受到了广泛关注。在本研究中，研究人员从澳大利亚珀斯一家污水处理厂采集的废水样本中，成功分离出一种对铜绿假单胞菌具有专性裂解活性的噬菌体 ——Minga - mokiny 4 。

研究人员先将废水样本通过 0.22μm 的滤膜过滤，然后用 1:1 体积的 LB（Luria–Bertani）肉汤在 37°C、50 转 / 分钟的条件下对样本进行富集培养，并与从患有囊性纤维化（CF）儿童体内分离出的铜绿假单胞菌菌株 M1C90 共同孵育过夜。接着，采用双层平板法进行分离，并经过三轮噬菌斑纯化。之后，用 DNase I 和 RNase A 处理纯化后的噬菌体悬浮液，以去除细菌基因组污染；再用蛋白酶 K 处理，破坏噬菌体衣壳，随后使用 Qiagen DNeasy Blood and Tissue Kit 试剂盒提取噬菌体 DNA。

提取的 DNA 经过 Nextera XT 制备试剂盒构建文库，由澳大利亚基因组研究设施（位于维多利亚州）利用 Illumina NovaSeq 6000 平台进行测序，共产生 3,133,596 条 150bp 的双端（PE）原始读数。研究人员运用 Phanatic v2.2.4 流程进行序列组装和噬菌体重叠群的鉴定。具体操作包括用 BBTools v38.18 进行接头修剪和重复序列去除，用 SPAdes v3.15.4 进行基因组组装，还用 BBTools v38.18 计算基本读数统计数据，利用 CheckV v1.0.1 和 CheckV 数据库 v1.5 评估基因组完整性。同时，用 ABRicate v1.0.0 在默认数据库中筛选细菌抗性和毒力基因，用 Prokka v1.14.6 基于原核病毒远程同源组（PHROGS）数据库对基因组进行注释，并根据小末端酶亚基重新排序。此外，通过 vConTACT2 和 taxmyPHAGE 对噬菌体进行分类学鉴定，利用 BLASTn 在 NCBI 核苷酸数据库中找出与 Minga - mokiny 4 最相近的基因组，用 FastANI v1.34 计算平均核苷酸同一性（ANI） 。

研究发现，Minga - mokiny 4 的基因组大小为 72,362bp，GC 含量为 54.79%，编码 90 个蛋白质编码序列（CDS），不含转运 RNA（tRNA）。经评估，其基因组被高度置信地认定为 “完整”，且未预测到与溶原性、细菌抗性或毒力相关的已知基因。Minga - mokiny 4 与它的三个最相近的序列具有超过 95% 的 ANI 分数。根据已发表的分类等级划分指南和分类学分类数据的一致性，推断该噬菌体属于 Litunavirus 属。这些特性表明，Minga - mokiny 4 有作为潜在治疗候选物的可能，但还需要进一步研究。

本研究得到了 MRFF 资助（2023559）以及 Stan Perron 慈善基金会、Conquer CF 基金会和卫生部 WACRF 资助。研究人员还感谢 Rosemary Carzino 女士在提供 AREST CF 细菌分离株方面的技术支持，感谢相关项目的参与者及其家属的贡献。此外，本项目在 Noongar 人的传统家园开展，噬菌体从 Noongar Wadjak 的水域中分离出来，研究团队还感谢 Sharon Gregory 和 Walyalap Waangkan Noongar 语言团队用 Wadjak Noongar 语言为噬菌体命名。西澳大利亚水务局为研究提供了废水样本。