标题：土壤与农业副产品中梭菌属菌株的基因组学研究

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Draft genome sequences of a strain of Clostridium neuense and four Candidatus Clostridium species

摘要：研究人员对来自土壤和农业副产品的五株梭菌（Clostridium）进行了基因组测序，其中四株被提议为候选种（Candidatus species）。本研究为理解梭菌属的系统发育和功能潜力提供了新的基因组资源，有助于推动相关工业应用的发展。

　　正文： 本研究报道了从土壤和农业副产品中分离得到的五株梭菌属（Clostridium）菌株的草图基因组。梭菌属成员因其在工业领域的巨大潜力而备受关注，其基因组序列的可用性有助于深入理解其功能潜力。

截至2024年12月，根据有效发表的原核生物名称清单，梭菌属已包含162个有效发表的物种。然而，并非所有物种的基因组序列都已获得，例如梭菌属的Clostridium neuense，其模式菌株是从湖底沉积物中分离出来的。基因组序列的可用性不仅提高了梭菌属系统发育学的分辨率，还为其生理和代谢提供了更深入的见解。本研究提供了五株梭菌菌株的草图基因组序列，这些菌株分别从俄罗斯的向日葵粕（sunflower meal）、中国的豆渣（okara）以及新加坡裕廊湖花园（Jurong Lake Gardens）的土壤样本中分离得到。

研究人员通过一系列实验步骤，包括样本的稀释、涂布、培养以及核酸提取等，最终利用Illumina NovaSeq 6000系统进行了短读、配对末端测序，并采用多种生物信息学工具对测序数据进行了质量修剪、去重组装、评估和注释。研究结果表明，菌株WILCCON 0114被鉴定为Clostridium neuense，而其余四株菌株则被提议为新的候选种，分别为Candidatus Clostridium helianthi（WILCCON 0112）、Candidatus Clostridium stratigraminis（WILCCON 0185）、Candidatus Clostridium radicumherbarum（WILCCON 0202）和Candidatus Clostridium eludens（WILCCON 0269）。

通过系统发育分析和整体基因组相关性指数验证了这五株梭菌菌株的分类地位。这些菌株的基因组特征，包括基因组大小、G+C含量、编码序列数量等，均在表1中进行了详细总结。此外，基于361个单拷贝核心蛋白序列构建的系统发育树清晰地展示了这些菌株与其他梭菌属物种之间的亲缘关系。

本研究得到了新加坡Wilmar International Limited公司的资助，样本采集得到了新加坡国家公园局（NParks）的批准。这些研究成果不仅丰富了梭菌属的基因组资源，还为未来相关领域的研究和应用提供了重要的数据支持。