霍乱病原体基因组研究：揭秘非洲疫情背后的基因密码

《Microbiology Resource Announcements 0.7》：Draft genomic sequences of Vibrio cholerae strains linked to the cholera outbreak in Kamituga, South Kivu, DRC

来自刚果（民主共和国）的研究人员针对非洲霍乱疫情频发问题，开展霍乱弧菌（Vibrio cholerae）基因组测序研究，揭示了2024年刚果（民主共和国）南基伍省卡米图加地区霍乱疫情的病原体基因特征，为疫情控制和干预措施开发提供了重要依据。

　　霍乱弧菌（Vibrio cholerae）是引发非洲霍乱疫情的主要病原体，但其引发疫情的具体原因尚不清楚。2024年1月至5月，刚果（民主共和国）南基伍省卡米图加地区爆发霍乱疫情，研究人员对此次疫情中从患者粪便样本中分离出的4株霍乱弧菌进行了基因组测序。

霍乱是一种全球性的重大公共卫生挑战，尤其在水和卫生设施不足的地区。在非洲，霍乱在多个国家呈地方性流行，疫情频繁爆发。刚果（民主共和国）是霍乱负担较重且疫情频发的国家之一。2023年该国爆发的霍乱疫情尤为严重，多个省份报告了数千例病例。

为了有效控制疫情并开发干预措施，了解在刚果（民主共和国）流行的霍乱弧菌菌株的基因组特征至关重要。研究人员报告了从卡米图加地区疫情中分离出的4株霍乱弧菌的基因组序列（见表1）。这些基因组有助于我们更深入地了解该地区霍乱的流行病学情况，并为控制霍乱疫情的努力做出贡献。

研究人员从粪便样本中选择性分离霍乱弧菌，采用牛津纳米孔技术（Oxford Nanopore Technology）平台进行长读长测序，并使用Flye软件进行基因组组装，Medaka软件进行小规模错误校正。通过MLST Finder和CholeraeFinder分别鉴定菌株的ST型和血清型，利用ResFinder确定抗菌药物耐药性（AMR）。基因组注释使用PGAP完成，并提交至NCBI数据库。研究发现，这些菌株均为ST69型，血清型为O1/El Tor变种，其AMR特征见表1。

研究人员将这4株霍乱弧菌基因组与来自病原体监测的5991个霍乱弧菌基因组进行比较，发现刚果（民主共和国）的菌株聚集在一起，与2017年坦桑尼亚的菌株（Rv2）最为接近，差异为15 - 27个单核苷酸多态性（SNPs）。另一组较接近的坦桑尼亚分离株（GCA编号）来自2015年基戈马，差异为17 - 29个SNPs。