gLike 框架:精准推断复杂种群历史的新利器
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时间:2025年03月21日
来源:Nature Genetics 31.8
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研究人员开展关于种群人口统计学推断的研究,提出 gLike 框架,能精准估计多种参数,意义重大。
种群的人口统计学历史是遗传变异模式的基础,并编码在抽样单倍型的基因谱系树中。在此,研究人员提出了一种名为谱系似然(gLike)的人口统计学推断框架。该方法使用基于图的结构,总结基因谱系树中所有谱系之间的关系,以及种群成员身份随时间变化的所有可能轨迹,并在参数化的人口统计学模型下推导跨树的完整似然性。通过模拟和实证应用表明,对于经历过多次混合的种群,gLike 能够准确估计数十个人口统计学参数,包括祖先种群大小、混合时间和混合比例等,并且优于使用位点频率谱(site frequency spectrum)的传统人口统计学推断方法。总之,gLike 框架利用了未被充分利用的谱系信息,在推断人类和其他物种的复杂种群历史方面具有高灵敏度和准确性。
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