中国首次分离猪流行性腹泻病毒 S-INDEL 毒株 EJS6 及其特性研究

为了解 PEDV 流行情况，研究人员分离 EJS6 毒株并分析其特性，为防控提供依据。

　　猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）是养猪业的 “噩梦”，它就像一个隐藏在猪群中的 “杀手”，悄无声息地引发仔猪腹泻、呕吐、脱水，甚至导致死亡，给全球养猪业带来巨大经济损失。目前，PEDV 主要分为 G1、G2 和 S-INDEL 三种基因型。G1 和 G2 基因型在我国较为常见，而 S-INDEL 毒株此前在我国鲜有报道和分离。由于 PEDV 的不断变异，其防控难度越来越大，了解新出现的毒株对于有效防控 PEDV 至关重要。

为了深入探究 PEDV S-INDEL 毒株在我国的情况，华中农业大学的研究人员开展了相关研究。他们成功从江苏某猪场腹泻仔猪肠道样本中分离出一株 PEDV S-INDEL 毒株，命名为 EJS6，并对其进行了全基因组测序、遗传特征分析以及致病性研究。该研究成果发表在《Animal Diseases》杂志上。

在研究方法上，研究人员首先采集了腹泻仔猪的小肠样本，经过处理后进行病毒检测与分离。他们利用 RT-PCR 技术检测样本中是否存在 PEDV 等病毒，通过细胞培养和盲传的方式分离病毒，并借助间接免疫荧光试验（IFA）进行鉴定。在获得 EJS6 毒株后，研究人员对其全基因组和 S 基因进行测序，与其他毒株序列比对构建系统发育树，分析其进化关系。同时，他们还利用动物实验，选取 18 只 5 日龄仔猪分为三组，分别接种 EJS6 毒株、G2c 毒株 EHuB4 和 DMEM，观察仔猪的发病情况、检测病毒载量并进行组织病理学分析 。

研究结果如下：

1. 病毒的分离与鉴定：研究人员从腹泻仔猪肠道样本中成功分离出 PEDV S-INDEL 毒株 EJS6。RT-PCR 检测显示样本中 PEDV 呈阳性，经过盲传后观察到典型细胞病变效应（CPEs），IFA 检测也证实了病毒的存在，测序分析进一步确认其属于 S-INDEL 基因型。
2. 系统发育分析：对 EJS6 毒株全基因组和 S 基因的系统发育分析表明，它属于 PEDV S-INDEL 基因型，与参考毒株 OH851 的全基因组相似度为 98.6%，S 基因核苷酸相似度为 97.6%。通过构建贝叶斯系统发育树发现，S-INDEL 毒株可分为三个不同的组，中国的 S-INDEL 毒株形成了一个独特的独立组，显示出显著的遗传差异。
3. 密码子使用模式分析：对 S 基因密码子使用模式的分析发现，S-INDEL 毒株可分为三组，且有效密码子数（ENC）分析表明，S 基因密码子使用偏好（CUB）受突变压力和自然选择的共同影响，其中自然选择是主要影响因素。研究还确定了四个正选择状态的氨基酸残基，这些氨基酸可能与病毒利用碳水化合物进入宿主的能力有关。
4. S 蛋白特征氨基酸变化：比较 EJS6 毒株与其他 PEDV 参考毒株 S 蛋白的氨基酸序列，发现 S 蛋白存在三个具有插入和缺失特征的区域，其中 54 - 65 位氨基酸区域是区分 S-INDEL 毒株与 G2a/b/c 毒株的关键分子标记，而中国 S-INDEL 毒株在 136 - 143 和 156 - 169 位氨基酸区域具有独特的蛋白序列标记。
5. 感染特性比较：在 Vero 细胞中，与 EHuB4 毒株相比，EJS6 毒株形成的合胞体和噬斑更小，病毒滴度更低，在 18 hpi 达到峰值（104.25TCID50?/mL ），而 EHuB4 毒株在 24 hpi 达到峰值（108.0TCID50?/mL ），表明 EJS6 在体外的复制能力较弱。
6. 致病性比较：动物实验结果显示，接种 EJS6 和 EHuB4 毒株的仔猪均出现腹泻和死亡，但 EJS6 组仔猪的死亡率低于 EHuB4 组，且肠道病变较轻。EJS6 组仔猪的病毒抗原主要定位于回肠，而 EHuB4 组在空肠和回肠均有分布，说明 EJS6 毒株的致病性较弱，且两种毒株具有不同的组织嗜性。

研究结论与讨论部分指出，该研究首次成功分离出中国 PEDV S-INDEL 毒株 EJS6，对其遗传变异、感染特性和致病性进行了全面分析。EJS6 毒株在体外复制能力较低，在仔猪体内致病性较弱。虽然 S-INDEL 毒株的临床症状存在差异，但 EJS6 毒株有潜力开发为疫苗，为防控 G2 PEDV 感染提供交叉保护。这项研究为深入了解 PEDV 的遗传多样性和进化提供了重要依据，有助于制定更有效的防控策略，对我国养猪业的健康发展具有重要意义。