荧光染料分子量对毛细管电泳（CE）分离双链 DNA（dsDNA）的影响及意义探究

《Journal of Fluorescence》：Effect of Molecular Weight of Fluorescent Dyes on DNA Separation by Capillary Electrophoresis

为解决荧光染料分子量影响双链 DNA（dsDNA）- 染料复合物质荷比进而改变 dsDNA 分离性能的问题，研究人员开展了不同染料标记或嵌入 dsDNA 片段分离时荧光强度和迁移时间的对比研究。结果表明不同染料有最佳浓度，且用 SYBR Green I 或 Gel Green 分离时 dsDNA 浓度与荧光强度呈线性关系，该研究有助于优化 dsDNA 分离检测。

　　毛细管电泳（Capillary Electrophoresis，CE）在双链 DNA（dsDNA）的质量控制中发挥着重要作用。到目前为止，已有多种荧光染料用于通过 CE 分离 dsDNA。然而，染料的分子量可能会影响 dsDNA - 染料复合物的质荷比，从而改变 dsDNA 的分离性能。在此，研究人员系统地比较了不同染料标记或嵌入 dsDNA 片段分离时的荧光强度和迁移时间。结果显示，SYBR Green I 的浓度对迁移时间的影响比 Gel Green 和 EvaGreen 更大，这可能是由于 EvaGreen 的分子量较低。SYBR Green I 和 Gel Green 的最佳浓度为 1×，而 EvaGreen 的最佳浓度为 0.005×。使用 SYBR Green I 或 Gel Green 进行分离时，dsDNA 浓度（0.1–0.5 ng/μL）与荧光强度之间存在线性关系。最后，研究人员在含有 1× SYBR 的 0.5% 羟乙基纤维素（HEC，1300k）中，12 分钟内成功分离了фX174-Hinc_II酶切产物，即使相邻 dsDNA 片段之间仅相差 6 个碱基对。此外，研究人员还根据电泳图通过 OpenCV 获得了虚拟的 dsDNA 条带。