俄罗斯福禄考中螺旋兰属花叶病毒 3（SpiMV3）全基因组测序及特征分析：拓展病毒地理分布与遗传多样性认知

《Virus Genes》：Complete genome and molecular characterization of spiranthes mosaic virus 3 from Phlox paniculata

来自俄罗斯的研究人员为探究螺旋兰属花叶病毒 3（SpiMV3）的相关特性，对其进行全基因组测序及分子特征分析。研究发现了 SpiMV3 新毒株，明确其基因组构成、基因进化关系等。这是俄罗斯首次报道该病毒，拓展了对其分布和遗传多样性的认知。

　　利用高通量测序技术测定了螺旋兰属花叶病毒 3（SpiMV3，隶属马铃薯 Y 病毒属Potyvirus，马铃薯 Y 病毒科Potyviridae）的首个完整基因组（GenBank 登录号：PQ374234）。该病毒是在俄罗斯莫斯科罗蒙诺索夫莫斯科国立大学植物园内，从表现出严重叶部花叶症状的福禄考（Phlox paniculata）植株上检测到的。SpiMV3 完整基因组长度为 9544 个核苷酸（nt），不包含 3'- 末端的多聚腺苷酸（poly (A)）尾。其 9258 nt 长的大开放阅读框编码一个由 3085 个氨基酸残基组成的多聚蛋白，且鉴定出 9 个潜在的切割位点。BLASTn 分析显示，SpiMV3 完整基因组与哥伦比亚曼陀罗马铃薯 Y 病毒的相似度最高，达 66.4%。基于俄罗斯 SpiMV3 分离株的完整基因组设计引物，通过逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR），在莫斯科齐津主植物园的不同福禄考品种上又发现了 8 个 SpiMV3 分离株。外壳蛋白（CP）基因系统发育分析表明，已知的 SpiMV3 分离株形成两个不同的簇，且其分组与宿主植物种类和地理来源无关。俄罗斯分离株属于其中一个簇。俄罗斯 SpiMV3 分离株的 CP 基因相互之间核苷酸同一性为 94.4 - 98.1%，与该组其他分离株的同一性为 92.2 - 96.9%，与另一个簇的分离株同一性为 72.7 - 75.6%。这是俄罗斯首次报道 SpiMV3，拓展了该病毒地理分布和遗传多样性的相关信息，并且首次对该病毒的完整基因组进行了测序和特征分析。