空间转录组分析揭示肾小球疾病潜在分子机制及关键基因

研究人员通过空间转录组分析肾小球疾病基因表达，发现 35 个下调基因，助力相关研究。

　　肾小球疾病是一组肾脏疾病，可能共享常见的基因表达途径。在此，研究人员分析了多种肾小球疾病中肾小球特异性的基因表达谱。研究人员使用 GeoMx 数字空间分析器，对对照组和 5 种肾小球疾病患者的福尔马林固定石蜡包埋肾脏活检标本进行空间转录组分析。设定疾病代表性的肾小球感兴趣区域（ROIs），用与目标互补序列相连的寡核苷酸条形码进行探测。经紫外线切割的条形码被扩增生成文库，随后进行测序。研究人员识别出了肾小球疾病中共同的差异表达基因，并使用 ToppGene 套件进行基因本体（Gene Ontology）注释。肾小球疾病患者和肾脏供体的平均年龄分别为 49.5±12.2 岁和 49.5±9.8 岁。与对照组相比，共有 35 个差异表达基因在疾病肾小球中持续下调，没有差异表达基因持续上调。在 35 个下调的差异表达基因中，有 12 个（包括 JUN 和 FOS 这两个核心基因）被注释为具有与 DNA 结合转录因子活性相关的分子功能基因本体术语。注释的生物学过程基因本体术语包括脂质相关反应（35 个差异表达基因中有 17 个）、类固醇激素反应（35 个差异表达基因中有 12 个）或细胞周期调控（35 个差异表达基因中有 10 个）。Xenium 和免疫荧光染色证实了 JUN、ZFP36 和 KLF9 在肾小球疾病肾小球内细胞中的表达降低。通过空间转录组分析识别共同的差异表达基因，有助于深入了解肾小球疾病的潜在分子机制，并可能带来新的评估或治疗策略。