丙型肝炎血清蛋白组学与转录组学联合分析：探寻潜在生物标志物

为探究丙型肝炎（HCV）血清分子特征，研究人员开展联合分析，发现多个关键分子，或为治疗提供新方向。

　　丙型肝炎（Hepatitis C）是一种由丙型肝炎病毒（HCV）感染引起的传染性肝脏疾病，严重威胁着全球公共健康。据世界卫生组织统计，全球超 3.25 亿人感染不同类型肝炎病毒，其中超 5000 万人慢性感染 HCV，且每年新增 100 万病例。更令人担忧的是，约 16% 的丙肝患者在 20 - 30 年后会进展为肝硬化，而肝硬化患者中又有 1.4 - 4.9% 会发展为肝细胞癌（HCC）。

目前，HCV 感染的标准治疗方案是聚乙二醇干扰素 α 联合利巴韦林，但该方案对不同基因型的疗效差异较大，且会引发多种不良反应，如流感样症状、血细胞变化、抑郁和自身免疫性疾病等。新型直接作用抗病毒药物（DAAs）虽更有效且副作用少，却可能导致 HCC 的发展和复发。因此，深入研究 HCV 感染和发病机制迫在眉睫。

为了揭开 HCV 感染和发病机制的神秘面纱，云南省第一人民医院（昆明理工大学附属医院）的研究人员开展了一项极具意义的研究。他们通过联合蛋白组学（Proteomics）和转录组学（Transcriptomics）技术，全面分析和比较了正常人群、既往 HCV 感染人群和持续性 HCV 感染患者的血清分子特征。该研究成果发表在《Virology Journal》上，为 HCV 相关研究提供了重要线索。

研究人员在此次研究中，运用了多种关键技术方法。首先，采集云南省第一人民医院的血清样本，将其分为正常对照组（Ctrl）、HCV 感染组（HCV，即既往感染但当前无病毒存在）和慢性 HCV 感染组（chronic HCV，即持续性感染），每组各 4 例样本。然后，利用串联质谱标签（TMT）技术进行蛋白组学分析，识别血清样本中蛋白质的表达谱；运用 RNA 测序（RNA-seq）技术开展转录组学分析，测定血清样本中转录组的表达谱。此外，还通过逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和蛋白质免疫印迹法（western blot）对差异表达的蛋白质和基因进行验证。

研究结果丰富且具有重要价值：

1. 差异表达蛋白（DEPs）的鉴定：在血清蛋白质组学分析中，研究人员共鉴定出 17811 个肽段和 2084 种蛋白质。与 Ctrl 组相比，HCV 组血清中有 356 个 DEPs；与 HCV 组相比，chronic HCV 组血清中有 381 个 DEPs。这些 DEPs 主要包括免疫球蛋白、外泌体蛋白等，它们在调节二氧化碳运输、转录起始、免疫反应以及细菌和病毒感染等过程中发挥着重要作用。通过蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络分析，发现 HSPA4、HSPD1、COPS5、PSMD2 和 TCP1 是 HCV 相关的关键蛋白。
2. 差异表达基因（DEGs）的鉴定：转录组学分析显示，与 Ctrl 组相比，HCV 组有 684 个 DEGs；与 HCV 组相比，chronic HCV 组有 350 个 DEGs。DEGs 主要编码细胞外基质（ECM）等，参与调节伤口愈合、细胞通讯、氧化应激、细胞黏附、病毒感染和免疫等过程。KEGG 通路富集分析表明，这些 DEGs 与 Hippo、Apelin、cAMP 和 PI3K-Akt 等信号通路密切相关。在 PPI 网络中，KIF11、CENPE、TTK、CDC20 和 ASPM 是 HCV 相关的关键基因。
3. 蛋白组学与转录组学联合分析：通过联合分析，研究人员发现了 DEPs 和 DEGs 之间的相互作用，尤其是 EIF4A3、MNAT1 和 UBE2D1。RT-qPCR 和 western blot 验证结果显示，EIF4A3、EIF2B1、MNAT1、SNRNP70 和 UBE2D1 在 Ctrl、HCV 和 chronic HCV 组中的表达模式与测序结果一致。

研究结论和讨论部分进一步揭示了这些发现的重要意义。研究表明，EIF4A3、EIF2B1、MNAT1、SNRNP70 和 UBE2D1 参与了 HCV 感染和发病过程，可能是治疗丙型肝炎患者的潜在生物标志物。此外，研究还发现一些关键蛋白和基因在 HCV 感染和发病机制中发挥着重要作用，如 HSPA4 可能是加剧 HCV 致病性的生物标志物，COPS5 可能通过 COPS5/c-Jun/AP-1 信号通路加重肝损伤疾病。

然而，该研究也存在一定局限性，样本量较小（n = 4），可能影响研究结果的统计效力和代表性，导致一些潜在的生物学差异未被有效检测。尽管如此，这仍是首次联合蛋白组学和转录组学技术，对丙型肝炎患者血清分子特征进行的研究，为 HCV 感染和发病机制提供了新的见解，为丙型肝炎的治疗提供了潜在的生物标志物和研究方向，对 HCV 相关基础研究具有重要推动作用。未来研究可扩大样本量，进一步验证这些发现，并深入探究相关分子机制，为攻克丙型肝炎这一难题奠定更坚实的基础。